7.–10. septembril osalesid uurimisrühma juht Agne Velthut-Meikas, teadur Inge Varik ning doktorandid Katariina Johanna Saretok ja Mayara Cristina Batista da Silva Tartus neljapäevasel scRNA-seq’i andmeanalüüsi kursusel. Kursus korraldati ELIXIR Estonia ja ELIXIR Czech Republicu koostöös. 

Üherakuline RNA sekveneerimine võimaldab uurida geenide avaldumist üksikutes rakkudes. Selle abil saab keerukates bioloogilistes proovides eristada rakupopulatsioone ning võrrelda nende geeniekspressioonimustreid. 

Kursusel tutvustati peamisi scRNA-seq tehnoloogiaid, katsete kavandamist ja erinevaid andmeanalüüsi tööriistu. Teoreetilisi loenguid täiendas praktiline andmeanalüüs, mille käigus said osalejad katsetada erinevaid analüüsimeetodeid ja bioinformaatilisi tööriistu.

Uurimisrühm on seda meetodit tegelikult ka juba varasemalt oma teadustöös kasutanud. Roos jt ühendasid 2022. aastal avaldatud uuringus üherakulise RNA-sekveneerimise tavapärase koguproovi RNA-sekveneerimisega, et uurida miks reageerivad patsientide munasarjad viljatusravile erinevalt. Uuring avardas ka teadmisi inimese ovulatsioonieelse folliikuli rakulisest mitmekesisusest. 

Kuna scRNA-seq’i tehnoloogiad ja andmeanalüüsi tööriistad arenevad kiiresti, on uute meetoditega kursis püsimine üha olulisem.

Doktorant Katariina sai kursuselt praktilisi nõuandeid oma andmete analüüsimiseks:

„Kursuselt sain mitu head ideed ja nõuannet, kuidas lahendada oma seniseid andmeanalüüsiga seotud probleeme. Koolitajad innustasid meid olema avatud uutele lähenemisviisidele ning katsetama erinevaid tööriistu ja parameetreid, mis andis mulle edasiseks uut motivatsiooni.“

Reproduktiivbioloogia uurimisrühm hakkab omandatud oskusi rakendama, et uurida, kuidas mõjutab inimese munasarjafolliikuli rakke nende kasvatamine laboritingimustes. Üksikutes rakkudes toimuvaid muutusi analüüsides soovivad teadlased paremini mõista munasarjarakkude talitlust ja selgitada välja, kuidas keskkonnakemikaalid seda mõjutavad.