Tallinn University of Technology

Doctoral Theses

Dmitri Trubitsõn PhD in Chemistry
Thesis: Organocatalytic Enantioselective Synthesis of N-alkylated Indoles

Mariliis Kimm PhD in Chemistry
Thesis: Asymmetric Organocatalytic [2,3]-Wittig Rearrangement

Mihhail Zujev PhD in Earth Sciences
Thesis: Development of Data Assimilation for Numerical Forecasts in Estonian Marine Areas

Dewi Kurnianingsih Arum Kusumahastuti PhD in Chemistry
Thesis: Ecotoxicological Profiling and Antibacterial Potency of a Series of 24 L-Phenylalanine Based SAILs

Ljudmila Klepinina PhD in Gene Technology
Thesis: Rearrangement of Energy Metabolism During Differentiation of Cancer Cells

Kefeng Ping PhD in Chemistry
Thesis: Rational Design of Carbonaceous MOF-based Materials for Chemo- and Electrocatalytic Applications

Juhan Reimand PhD in Chemistry
Thesis: Discordance between amyloid-β PET and CSF biomarkers: Clinical and pathophysiological consequences

Merlin Sardis PhD in Gene Technology
Thesis: Chemical Modification of Met and His Residues of Amyloid β Peptide. Influence of Copper Ions and Effect on Fibrillization

Anna Cowart PhD in Chemistry
Thesis: An Investigation of Noncovalently Bound Supramolecular Systems Through Case Studies of Oxacalixarenes and Iodo-triazoles

Laura Päeske PhD in Biomedical Engineering 
Thesis: Assessment of Electroencephalographic Measures Applied in the Detection of Depression

Jürgen Tuvikene PhD in Gene Technology
Thesis: Transcriptional and Translational Regulation of Brain-Derived Neurotrophic Factor

Mart Ratas PhD in Applied Mechanics
Thesis:  Numerical Analysis of Nonlinear Wave Propagation

Ahmed Alkarory Ahmed Abdalazeez PhD in Earth Sciences
Thesis: Runup of Nonlinear Waves of Different Shapes on a Plane Beach Including Effects of Dispersion and Wave Breaking

Andis Blaus PhD in Earth Sciences
Thesis: From Modern Pollen-Plant Relationships to Holocene Vegetation Diversity Reconstructions

Nataliia Kinash PhD in Applied Mathematics
Thesis: Inverse Problems for Generalized Subdiffusion Equations

Jüri Teras PhD in Gene Technology
Thesis: Loco-Regional Treatment of Cutaneous Melanoma

Gabor Zoltan Elek PhD in Chemistry
Thesis: Oxidative Ring-Cleavage Reactions of Cyclopropanols and their Application for the Synthesis of Bioactive Cyclopeptides

Rohit Bhadoria PhD in Chemistry
Thesis: Design of Heterobivalent Molecules and their Applications in Chemical Biology and Materials Science

Johan Viirok PhD in Applied Physics
Thesis: The Study of Magnetoelectric Effect in Multiferroics Using THz Spectroscopy

Monika Stoljarova PhD in Gene Technology
Thesis: Massively Parallel Sequencing of Human Mitochondrial Genome for Forensic Analysis

Marina Teras PhD in Gene Technology
Thesis: Melanoma Markers and New Treatment Perspectives

Kai Lauri PhD in Biomedical Engineering
Thesis: Elimination of Uremic Toxins during Dialysis assessed with the Optical and Analytical Methods

Jekaterina Krištal PhD in Gene Technology
Thesis: Application of Differentiated SH-SY5Y Cells for Toxicological Studies of Alzheimer's Amyloid Beta Peptide

Piret Saar-Reismaa PhD in Chemistry
Thesis: Analysis of Psychoactive Compounds in Oral Fluid by Capillary Electrophoresis

Palanivel Molaiyan PhD in Applied Physics
Thesis: Solid-State Electrolytes for Fluoride-ion Batteries

Mikk Kaasik PhD in Chemistry
Thesis: Synthesis, Characterisation and Catalytic Activity of Enantiopure Triazole-based Halogen Bond Donors

Mart Reimund PhD in Chemistry
Thesis: New Aspects in Stabilization and Activation Mechanisms of Lipoprotein Lipase

Tarvi Teder  PhD in Chemistry
Thesis: Structural and Catalytic Aspects of the Catalase-Related Fatty Acid Hydroperoxide Lyase

Ursula Toom PhD in Earth Sciences
Thesis: Ordovician and Silurian Trace Fossils of Estonia

Tiina Drell PhD in Gene Technology 
Thesis: The Effect of Maternal Microbial Communities and Preterm Birth on the Development of Infant Gut Microbiota

Ilja Maljutenko PhD in Earth Sciences
Thesis: Water Circulation in Gulf Type Regions of Freshwater Influence – the Gulf of Finland and Gulf of Riga

Irshad Mohammad PhD in Chemistry
Thesis: Development of Room Temperature Secondary Fluoride Ion Batteries

Jana Zernant PhD in Gene Technology
Thesis: ABCA4 Locus as a Model for Complex Genetics in Monogenic Diseases

Sander Rikka PhD in Earth Sciences
Thesis: Radar Remote Sensing of Meteo-Marine Parameters in the Baltic Sea

Elena Prigorchenko PhD in Chemistry
Thesis: Cyclohexanohemicucurbit[n]urils, their Synthesis, Formation Mechanism, and Complexation

Anna-Liisa Kubo PhD in Gene Technology
Thesis: Toxicological Profiling of Copper Oxide and Silver Nanoparticles and Polyoxometalate Ionic Liquids with Medically Relevant Bacteria and Mammalian Cells in vitro

Irena Jakobson PhD in Gene Technology
Thesis: Genetic Analysis of Powdery Mildew Resistance in an Introgression Line of Wheat

Stephanie Rendon De La Torre PhD in Applied Mechanics
Thesis: From Econophysics to Networks: Structure of the Large-Scale Estonian Network of Payments

Kärt Reitel PhD in Chemistry
Thesis: Organocatalytic Asymmetric Michael Addition to Cyclopropyl Derivatives

Eve-Ly Ojangu PhD in Gene Technology
Thesis: The Roles of Class XI Myosins in Arabidopsis Development

Sandra Kaabel PhD in Chemistry
Thesis: Anion Recognition and the Templated Solid-State Synthesis of Hemicucurbiturils

Indrek Mandre PhD in Applied Mathematics
Thesis: On Statistical Topography of Self-Affine Sets

Merlin Liiv PhD in Earth Sciences
Thesis: Application of Lake Sediment Carbon/Nitrogen Ratio in Post-Glacial Paleoenvironmental Reconstruction

Irina Suhhova PhD in Earth Sciences
Thesis: Structure and Variability of Currents in the Stratified Gulf of Finland

Sigrid Kalle PhD in Chemistry
Thesis: Optical Monitoring of Uremic Metabolites-Fluorophores during Dialysis: the Cases of β2-microglobulin, Pentosidine, and 4-Pyridoxic Acid

Joonas Pärn PhD in Earth Sciences
Thesis: Origin and Geochemical Evolution of Palaeogroundwater in the Northern Part of the Baltic Artesian Basin

Hanna Vihma PhD in Gene Technology
Thesis: Regulation of NFAT Transcription Factors by Neuronal Activity

Andra Noormägi PhD in Gene Technology
Thesis: Effects of Zn2+ Ions and Environmental Conditions on the Fibrillization of Insulin

Heidi Lees PhD in Chemistry
Thesis: Development of Analysis Methods to Detect the Use of Explosives and Chemical Warfare Agents

Aleksandr Klepinin PhD in Chemistry
Thesis: Interplay between Creatine Kinase and Adenylate Kinase Networks in Health and Disease

Priit Eek PhD in Chemistry
Thesis: Structure and Regulation of Arachidonate 11R-lipoxygenase

Katre Juganson PhD in Chemistry
Thesis: Ecotoxicological Impacts of Industrially Relevant Engineered Nanomaterials: Effects on Tetrahymena thermophila

Karolin Oja PhD in Chemistry
Thesis: Oxidation of Substituted Cyclopentane-1,2-diones

Moonika Viigimäe PhD in Biomedical Technologies
Thesis: Analysis of Ventricular Repolarization Signals in Obstructive Sleep Apnea

Andre Koit PhD in Gene Technology
Thesis: Malignant Transformation Causes Rearrangement of Energy Metabolism in Colorectal and Breast Cancers

Maria Fomitšenko PhD in Chemistry
Thesis: Chromatographic Analysis of Cyclohexano-Substituted Hemicucurbiturils and Characterization of their Intermediates with Mass Spectrometry

Maksim Osheka PhD in Chemistry
Doktoritöö: Enantioselektiivne H-sideme katalüüsitud spirotsüklopropaneerimine ja Wittigi [2,3]-ümberasetusreaktsioon

Natalja Jepihhina

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Doktoritöö: Difusioonitakistuste heterogeensus südamelihasrakkudes

Martin Lints

Filosoofiadoktori (rakendusmehaanika) kraad
Doktoritöö: Optimeeritud signaalitöötlus mittelineaarsete komplekssete materjalide ja bioloogiliste kudede mittepurustavaks testimiseks ultraheliga

Sophie de Reguardati di Catstelfranco

Filosoofiadoktori (rakendusfüüsika) kraad
Doktoritöö: Kõrgtäpsusega standardid kvantitatiivses kahefootonses neeldumisspektroskoopias

Ruth Tomson

Filosoofiadoktori (biomeditsiinitehnoloogia) kraad
Doktoritöö: Uureal ja kreatiniinil põhinevad parameetrid neeruasendusravi optilises monitooringus: patsiendi lihasmassi ja uurea tagasilöögi efekti hindamine
 

Sten Erm

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Doktoritöö: Ema-tütre multireaktorite süsteemide kasutamine mikroorganismide püsiseisundis kasvuruumi uurimisel
Juhendajad: professor Raivo Vilu (TTÜ), vanemteadur Kaarel Adamberg (TTÜ)
Oponendid: professor Peter Neubauer (Berliini Tehnikaülikool, Saksamaa), professor Juris Vanags (Riia Tehnikaülikool, Läti)
 

Irina Osadchuk

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Doktoritöö: Titaani ja iriidiumi komplekside struktuur ja katalüütilised omadused
Juhendaja: dotsent Toomas Tamm (TTÜ), dotsent Marten Ahlquist (Royal Institute of Technology, Rootsi).
Oponendid: professor Peeter Burk (Tartu Ülikool), professor Matti Hauka (Jyväskylä ülikool, Soome)
 

Andrus Kaldma

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Doktoritöö: Soolevähi metaboolne remodelleerimine: muutused energiavoogudes
Juhendajad: vanemteadur Tuuli Käämbre (KBFI), teadur Natalja Timohhina (KBFI)
Oponendid: professor Vilmante Borutaite (Lithuanian University of Health Sciences, Leedu), dotsent Kalju Paju (Tartu Ülikool)
 

Kristi Luberg

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Doktoritöö: Inimese tropomüosiin-seoselised kinaasid A ja B: transkriptide mitmekesisusest uudsete inhibiitoriteni
Juhendaja: professor Tõnis Timmusk (TTÜ), professor Mati Karelson (TTÜ)
Oponendid: dotsent Tomi Rantamäki (Helsingi Ülikool, Soome), professor Aleksander Zarkovski (Tartu Ülikool)

Sirje Sildever

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Doktoritöö: Füüsikalis-keemiliste tegurite mõju kevadõitsengu mikrovetikate kooslustele ja populatsioonidele Läänemeres
Juhendaja: juhtivteadur Inga Lips (TTÜ)
Oponendid: professor Bente Edvardsen (Oslo Ülikool, Norra), juhtivteadur Kalle Olli (Tartu Ülikool)
 

Maris Skudra

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Doktoritöö: Termohaliinse struktuuri ja tsirkulatsiooni mustrid Liivi lahes
Juhendajad: professor Urmas Lips (TTÜ), Victor Zhurbas (TTÜ)
Oponendid: professor Lars Arneborg (Rootsi Meteoroloogia ja Hüdroloogia Instituut, Rootsi), vanemteadur Erko Jakobson (Tartu Observatoorium)

Margus Voolma

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Orgaanika- ja metalliderikaste põlevkivide/mustade kiltade geokeemiast Jordaanias ja Eestis
Juhendaja professor Alvar Soesoo (TTÜ)
Oponendid: vanemteadur Leho Ainsaar (Tartu Ülikool), dotsent Peter Sorjonen-Ward (Helsingi Ülikool, Soome)

Peeter Laas

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Bakterplanktoni koosluse ajalis-ruumiline nišijaotus läbi keskkonnagradientide Läänemeres
Juhendaja juhtivteadur Inga Lips (TTÜ)
Oponendid: professor Ain Heinaru (Tartu Ülikool), professor Klaus Jürgens (Warnemünde Läänemere Uuringute Instituut, Saksamaa)

Edith Soosaar

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Jõevee levik rannikumeres Riia lahe näitel
Juhendajad Urmas Raudsepp (TTÜ) ja prof Robert D. Hetland (Texas A&M University)
Oponendid: Dr. Andreas Lehmann (Helmholtz Centre for Ocean Research, Saksamaa), vanemteadur Aarne Männik (Tartu Ülikool)

Kairi Kasemets

Filosoofiadoktori (rakendusmatemaatika) kraad
Teema: Hetk- ja integraaltingimustega pöördülesanded paraboolsetele integrodiferentsiaalvõrranditele
Juhendaja professor Jaan Janno (TTÜ)
Oponendid: professor Mykola Ivanchov (Lvivi Ülikool, Ukraina), dotsent Uno Hämarik (Tartu Ülikool)

Jürgen Arund

Filosoofiadoktori (biomeditsiinitehnoloogia) kraad
Teema: Peamised kromofoorid ja fluorofoorid heitdialüsaadis neeruasendusravi optilise monitooringu nurgakividena
Juhendajad: professor Ivo Fridolin, vanemteadur Risto Tanner ja vanemteadur Merike Luman (TTÜ)
Oponendid: professor Griet Glorieu (Genti Ülikool, Belgia), MD PhD Stephane Burtey (Aix-Marseille´Ülikool, Prantsusmaa)

Erkki Kask

Filosoofiadoktori (rakendusfüüsika) kraad
Teema: Kesteriitsete päikesepatareide absorbermaterjalide uurimine mahtuvusspektroskoopiliste meetoditega
Juhendaja professor Jüri Krustok (TTÜ)
Oponendid: PhD Pawel Zabierowski (Varssavi tehnoloogiaülikool, Poola), vanemteadur Indrek Jõgi (Tartu Ülikool)

Kadri Aller

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Defineeritud koostisega söötmete arendamine ja kasutusalad piimhappebakteritele
Juhendajad professor Raivo Vilu (TTÜ) ja vanemteadur Kaarel Adamberg (TTÜ)
Oponendid: PhD Elvira Maria Hebert (CERELA-CONICET teaduslabor, Argentiina), professor Per Saris (Helsingi Ülikool, Soome)

Andrei Šamarin

Filosoofiadoktori (biomedistiinitehnoloogia) kraad
Teema: Luustiku ainevahetuse ja morfoloogia hübriidkuvamine positronemissioontomograafia ja magnetresonantstomograafia abil
Juhendajad külalisprofessor Sergei Nazarenko (TTÜ) ja Gustav von Schulthess (Zürichi Ülikooli Haigla, Šveits)
Oponendid: dotsent Andrei Iagaru (Stanfordi Ülikooli Meditsiinikeskus, USA), professor Juhani Knuuti (Turu Ülikool, Soome)

Kaspar Kevvai

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: 15N-märgistatud pärmihüdrolüsaatide rakendused Lactococcus lactis'e ja Saccharomyces cerevisiae ainevahetuse uurimisel
Juhendajad professor Toomas Paalme (TTÜ) ja vanemteadur Ildar Nisamedtinov (TTÜ)
Oponendid: professor Matti Korhola (Helsingi Ülikool, Soome), vanemteadur Petri-Jaan Lahtvee (Tartu Ülikool, Eesti)

Karin Rosenstein

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Östradiooli ja progesterooni reguleeritud geenid inimese endomeetriumis
Juhendajad: professor Andres Salumets (TÜ), professor Madis Metsis (TLÜ) ja PhD Jaak Simm (KU Leuven)
Oponendid: professor John Aplin (Manchesteri Ülikooli Inimese arengu instituut, Suurbritannia), vanemteadur Kersti Lilleväli (Tartu Ülikool, Eesti)

Gert Preegel

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Tsüklopentaan-1,2-diooni ja tsüklopent-2-een-1-ooni asümmeetrilised organokatalüütilised reaktsioonid
Juhendajad: professor Margus Lopp (TTÜ) ja Tõnis Pehk (KBFI)
Oponendid: professor Ari Koskinen (Aalto Ülikool, Soome), dotsent Uno Mäeorg (Tartu Ülikool, Eesti)

Jekaterina Služenikina

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Skatteromeetri meretuulte rakendused ja kvaliteedihinnang nende assimileerimisele numbrilise prognoosi mudelisse HIRLAM
Juhendajad: professor Sirje Keevallik (TTÜ) ja vanemteadur Aarne Männik (TÜ)
Oponendid: vanemteadur Tiit Nilson (Tartu Observatoorium), PhD,Ad Stoffelen (Hollandi Kuninglik Meteoroloogiainstituut)

Jekaterina Mazina

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Psühho- ja bioaktiivsete ainete tuvastamine erinevates proovimaatriksites kasutades fluoresentsspektroskoopia ja kapillaarelektroforeesi meetodeid
Juhendaja: professor Mihkel Kaljurand (TTÜ)
Oponendid: professor Boguslaw Buszewski, Nicolaus Copernicus University (Poola) ning professor Heli Siren, Helsingi Ülikool (Soome)

Anna Merkulova (Kazantseva)

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Alternatiivne splaising haiges ja terves koes
Juhendaja: vanemteadur Kaia Palm (TTÜ)
Oponendid: professor Eugene Makeyev, King`s College London (Suurbritannia) ning vanemteadur Ana Rebane, Tartu Ülikool (Eesti)

Jana Kazarjan

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Endogeensete antioksüdantide ja nende sünteetiliste analoogide uurimine kapillaarelektroforeesi meetodil
Juhendaja: vanemteadur Merike Vaher (TTÜ) ning professor Mihkel Kaljurand (TTÜ)
Oponendid: professor Audrius Maruška, Vytautas Magnus University (Leedu) ning professor Tõnu Püssa, Eesti Maaülikool (Eesti)

Ieva Grudzinska

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Ränivetikate stratigraafia ja Läänemere idaosa veetaseme muutused Holotseenis
Juhendaja: professor Siim Veski (TTÜ) ning vanemteadur Atko Heinsalu (TTÜ)
Oponendid: dotsent Jan Weckström, Helsingi Ülikool (Soome) ning vanemteadur Joonas Virtasalo, Geological Survey of Finland (Soome)

Mario Öeren

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Tsükloheksüülhemikukurbituriilide arvutuskeemiline modelleerimine
Juhendaja: dotsent Toomas Tamm (TTÜ) ning dotsent Riina Aav (TTÜ)
Oponendid: dotsent Eric Masson, Ohio Ülikool (USA)
vanemteadur Uko Maran, Tartu Ülikool (Eesti)

Mari Kalda

Filosoofiadoktori (rakendusmehaanika) kraad
Teema: Ühe südameraku mehaanoenergeetika
Juhendaja:vanemteadur Marko Vendelin (TTÜ) ning vanemteadur Pearu Peterson (TTÜ)
Oponendid: professor Alf Månsson, Linnaeus University (Rootsi) ning Steven Niederer PhD, King`s College London (Suurbritannia)

Natalja Buhhalko

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Toitainete ja fütoplanktoni ajalis-ruumilist muutlikkust mõjutavad protsessid suvel Soome lahes
Juhendaja: juhtivteadur Inga Lips (TTÜ)
Oponendid: vanemteadur Norbert Wasmund, Leibniz-Institute for Baltic Sea
Research (Saksamaa) ning teadur Kai Piirsoo, Eesti Maaülikool (Eesti)

Sergei Zari

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Organokatalüütiline asümmeetriline liitumine küllastumata 1,4-dikarbonüülühenditele
Juhendaja: professor Tõnis Kanger (TTÜ)
Oponendid: dotsent Jan H. van Maarseveen, Amsterdami Ülikool (Holland) ning dotsent Uno Mäeorg, Tartu Ülikool (Eesti)

Piret Laht

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: B-pleksiinid mõjutavad mikrotorukeste liikumise kaudu närvirakkude küpsemist
Juhendaja: dotsent Andres Veske (TTÜ)
Oponendid: professor Dr. Udo Bartsch, Hamburgi Ülikool (Saksamaa) ning dotsent Sulev Ingerpuu, Tartu Ülikool (Eesti)

Niina Karro

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: ADP kompartmentatsiooni analüüs südamelihasrakkudes ja selle roll mitokondriaalse suure läbitavusega poori avanemise eest kaitsmisel
Juhendaja: vanemteadur Rikke Birkedal, PhD (TTÜ)
Oponendid: professor Uwe Schlattner, PhD Joseph Fourier University (Prantsusmaa) ning vanemteadur Margus Eimre, dr. med. Tartu Ülikool (Eesti)

Kaur Jaanson

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Bakteriaalsetel kunstlikel kromosoomidel põhinevad transgeensed mudelid BDNF geeni regulatsiooni uurimiseks
Juhendaja: professor Tõnis Timmusk (TTÜ)
Oponendid:
Dotsent Jaan-Olle Andressoo, PhD, Helsingi Ülikool (Soome)
Professor Sulev Kõks, PhD, Tartu Ülikool (Eesti)

Reio Põder

Filosoofiadoktori (rakendusfüüsika) kraad
Teema: Hapniku vakantsi dünaamika uurimine Sc-lisandiga tseeriumdioksiidis TMR abil
Juhendajad: dotsent Pavel Suurvarik, Ph.D (TTÜ) ning vanemteadur Juhan Subbi, Ph.D (KBFI)
Oponendid:
Dr. Mihails Kusnezoff, Fraunhoferi Keraamikatehnoloogiate ja -süsteemide Instituut (Saksamaa)
Dr. Indrek Kivi, Keemia Instituut, Tartu Ülikool (Eesti)

Sven Siir

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Bentoniitide (muutunud vulkaanituhkade) geokeemiline sisestratifikatsioon ja selle interpretatsioon
Juhendajad: vanemteadur Tarmo Kiipli (TTÜ) ning professor Alvar Soesoo (TTÜ)
Oponendid: dotsent Sigitas Radzevicius (Vilniuse Ülikool) ning Sten Suuroja (Eesti Geoloogiakeskus)

Kazbulat Sogenov

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: CO2 voo petrofüüsikalised mudelid Balti basseini perspektiivsetes ladustamiskohtades
Juhendaja: vanemteadur Alla Shogenova (TTÜ)
Oponendid dotsent Krzysztof Labus (Sileesia Tehnikaülikool, Poola) ning vanemteadur Argo Jõeleht (Tartu Ülikool)

Helike Lõhelaid

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema:Alleenoksiidi süntaas-lipoksügenaasi rada korallide stressivastuses
Juhendaja: professor Nigulas Samel (TTÜ)
Oponendid: Professor Andrew F. Rowley (School of the Environment & Society Swansea University, Suurbritaania) ning professor Tanel Tenson (Tartu Ülikool)

Normunds Stivrinš

Filosoofiadoktori (Maa-teaduste) kraad
Teema: Pärastjääaja keskkonnatingimused, taimestik ja inimmõju Lätis
Juhendaja: vanemteadur Siim Veski (TTÜ)
Oponendid Dr. Angelica Feurdean (Senckenberg Research Institute; Natural History
Museum Biodiversity and Climate Research Centre, Saksamaa) ning vanemteadur Mihkel Kangur (Tallinna Ülikool)

Kristella Hansen

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Prostaglandiinide süntees mere lülijalgsetes ja punavetikates.
Juhendajad: professor Nigulas Samel ja vanemteadur Külliki Varvas (TTÜ)
Oponendid: professor David W. Stanley (United States Department of Agruculture, Ameerika Ühendriigid) ning vanemteadur Tiina Tamm (Tartu Ülikool)

Agne Velthut-Meikas

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Munasarja folliikul kui munaraku küpsemise keskkond: granuloosrakkude ja follikulaarvedeliku roll ovulatsioonieelses arengus
Juhendajad: prof Andres Salumets (Tartu Ülikool), prof Madis Metsis (Tallinna Ülikool) ja vanemteadur Anu Aaspõllu (TTÜ)
Oponendid: prof Ursula Eichenlaub-Ritter (Bielefeldi Ülikool, Saksamaa) ning prof Toivo Maimets (Tartu Ülikool)

Jaanus Suurväli

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: G valkude signaaliülekande regulaator 16 (RGS16): osalus immuunvastuses ja genoomne asukoht ürgses MHC-seoselises evolutsiooniliselt konserveerunud sünteenses grupis
Juhendajad: vanemteadur Sirje Rüütel Boudinot (TTÜ)
Oponendid: professor Pärt Peterson (Tartu Ülikool) ning professor Lars T. Hellman (Uppsala Ülikool, Rootsi)

Mailis Päri

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Hõimkonna Porifera oligoadenülaadi süntetaaside alamrühma iseloomustamine
Juhendajad: vanemteadur Anne Kuusksalu ja vanemteadur Annika Lopp (TTÜ)
Oponendid: dotsent Rune Hartmann (Aarhusi Ülikool, Taani) ning
prof Mart Saarma (Helsingi Ülikool, Soome)

Jekaterina Kazantseva

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: TAF4 alternatiivne splaising kui raku funktsioonide dünaamilise reguleerimise lüliti
Juhendaja: vanemteadur Kaia Palm (TTÜ)
Oponendid: Dr. Philippe Naveilhan, PhD (Centre for Research in Transplantation and Immunology, Nantes, Prantsusmaa) ning vanemteadur Viljar Jaks (Tartu Ülikool)

Artur Noole

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Asümmeetriline organokatalüütiline 3,3’-diasendatud oksindoolide süntees
Juhendajad: prof Tõnis Kanger (TTÜ)
Oponendid: professor Petri M. Pihko (Jyväskylä Ülikool, Soome) ning
vanemteadur Uno Mäeorg (Tartu Ülikool)

Robert Tsanev

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Inimese Gli-valkude transkriptsioonilise repressordomeeni määramine ja struktuurilis-funktsionaalne iseloomustus
Juhendajad: vanemteadur Priit Kogerman (Tartu Ülikool), vanemteadur Torben Østerlund (Proffice Life Science for AstraZeneca, Taani) ning prof Lilian Järvekülg (TTÜ)
Oponendid: prof Peter Zaphiropoulos (Karolinska Institutet, Rootsi) ning
vanemteadur Arnold Kristjuhan (Tartu Ülikool)

Dmitri Kartofelev

Filosoofiadoktori (rakendusmehaanika) kraad
Teema: Helitekke mittelineaarsed mehhanismid muusikalises akustikas
Juhendaja: vanemteadur Anatoli Stulov (TTÜ)
Oponendid: prof Bogumił B.J. Linde (Gdański Ülikool, Poola) ning prof German A. Maximov (Andreyev Acoustical Institute, Venemaa)

Sigrid Hade

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: GIS meetodite rakendused Paleosoikumi graptoliit-argilliidi ja keskkonnaseisundi muutlikkuse uuringutes
Juhendaja: prof Alvar Soesoo (TTÜ)
Oponendid: prof Elena Panova (St. Peterburgi Riiklik Ülikool, Venemaa) ning PhD Valter Petersell (Eesti)

Kaspar Valgepea

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Absoluutselt kvantitatiivsetel oomikameetoditel põhinev kasvuerikiirusest sõltuva Escherichia coli metabolismi kirjeldamine
Juhendajad: prof Raivo Vilu ja vanemteadur Kaarel Adamberg (TTÜ)
Oponendid: PhD Tobias Maier (Hispaania) ning prof Kazuyuki Shimizu (Keio Ülikool, Jaapan)

Peep Pitk

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Proteiini- ja lipiidirikaste tahkete tapamajajäätmete anaeroobne kooskääritamine: ressursi analüüs ja protsessi optimeerimine
Juhendajad: prof Raivo Vilu (TTÜ) ja prof Prasad Kaparaju (Jyväskylä Ülikool, Soome)
Oponendid: prof Werner Fuchs (University of Natural Resources and Life Sciences, Austria) ning prof Bo Svensson (Linköpingi Ülikool, Rootsi)

Toivo Kallaste

Filosoofiadoktori (Maa-teaduste) kraad
Teema: Püroklastiline sanidiin Alam-Paleosoikumi bentoniitides – regionaalstratigraafia uus töövahend
Juhendajad: professor Alvar Soesoo ja vanemteadur Tarmo Kiipli (TTÜ)
Oponendid: professor Kalle Kirsimäe (Tartu Ülikool), Dr. Ivar Murdmaa (Vene TA Okeanoloogia Instituut) ning Assoc. prof Piret Plink-Björklund (Colorado School of Mines)

Andres Anier

Filosoofiadoktori (biomeditsiinitehnoloogia) kraad
Teema: Elektroentsefalogrammi komplekssuse hindamine aju monitooringul intensiivravis
Juhendajad: professor Tarmo Lipping (Tampere Tehnikaülikool) ja professor Kalju Meigas (TTÜ)
Oponendid: Dr. Tech. Antti Kulkas (Seinäjoki Central Hospital, Soome) ning
dotsent Elzbieta Olejarczyk (Poola Teaduste Akadeemia)

Kristjan Pilt

Filosoofiadoktori (biomeditsiinitehnoloogia) kraad
Teema: Optilise pulsilaine signaali analüüs arterite varase vananemise määramiseks diabeedihaigetel
Juhendajad: prof Kalju Meigas ja külalisprof Margus Viigimaa (TTÜ)
Oponendid: professor Göran Salerud (Linköpingi Ülikool, Rootsi) ning
dotsent Miklós Illyés (Pécsi Ülikool, Ungari)

Indrek Koppel

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: BDNF geeni avaldumise transkriptsioonilised mehhanismid
Juhendaja: prof Tõnis Timmusk (TTÜ)
Oponendid: prof Clive Bramham (Bergeni Ülikool, Norra) ning vanemteadur Anti Kalda (Tartu Ülikool)

Minna Varikmaa

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Lihasrakkude mitokondriaalse hingamise regulatsiooni struktuursed ja funktsionaalsed uuringud
Juhendajad: prof Valdur Saks (KBFI) ja prof Madis Metsis (Tallinna Ülikool)
Oponendid: professor Erich Gnaiger (Innsbruck´i Meditsiini Ülikool) ning professor Maris Laan (Tartu Ülikool)

Kerti Ausmees

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Heterobitsüklo[3.2.0]heptaanide süntees multikomponentse kaskaadreaktsiooniga
Juhendajad: prof Tõnis Kanger ja vanemteadur Kadri Kriis (TTÜ)
Oponendid: Professor Maris Turks (Riia Tehnikaülikool) ning Dr. Lauri Vares (Tartu Ülikool)

Jana Holmar

Filosoofiadoktori (biomeditsiinitehnoloogia) kraad
Teema: Optiline meetod kusihappe eemaldamise määramiseks dialüüsiravi käigus
Juhendajad: prof Ivo Fridolin (TTÜ) ja PhD Fredrik Uhlin (Linköpingi Ülikool, Rootsi)
Oponendid: prof David Goldsmith (King' s College, Suurbritannia) ning dotsent František Lopot (Charlesi Ülikool, Tšehhi)

Julia Geller

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Eesti puugipopulatsioonis ringlevate Borrelia liikide tuvastamine ja geneetiline iseloomustus
Juhendajad: vanemteadur Irina Golovljova (Tervise Arengu Instituut) ja prof Lilian Järvekülg (TTÜ)
Oponendid: prof Lise Gern (Neuchâteli Ülikool, Šveits) ning prof Sven Bergström (Umeå Ülikool, Rootsi)

Irina Stulova

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Piima koostise ja töötlemise mõju piimhappebakterite kasvule
Juhendaja: professor Raivo Vilu
Oponendid: vanemteadur Olivier Braissant (Baseli Ülikool, Šveits) ning professor Inga Ciproviča (Läti Põllumajandusülikool, Läti)

Allan Niidu

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Tsüklopentaanide ja tetrahüdrofuraanide süntees
Juhendajad: professor Margus Lopp (TTÜ) ja vanemteadur Anne Paju (TTÜ)
Oponendid: professor Ari Koskinen (Aalto Ülikool) ning Dr. Uno Mäeorg (Tartu Ülikool)

Victor Alari

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Mitmemastaapne tuulelainete modelleerimine Läänemeres
Juhendaja: vanemteadur Urmas Raudsepp (TTÜ)
Oponendid: Dr Gerbrant Ph. Van Vledder (Delfti Tehnikaülikool, Holland) ning Dr Ülo Suursaar (Tartu Ülikool)

Kersti Jääger

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Mesenhümaalsete tüvirakkude diferentseerumine ja heterogeensus
Juhendaja: professor Toomas Neuman (TTÜ)
Oponendid: dotsent Timo Tuuri (Helsingi Ülikool) ning vanemteadur Viljar Jaks (Tartu Ülikool)

Mervi Sepp

Filosoofiadoktori (rakendusfüüsika) kraad
Teema: Difusioonitakistuste hindamine kardiomüotsüütides kasutades kineetilisi mõõtmisi
Juhendaja: vanemteadur Marko Vendelin (TTÜ)
Oponendid: Jeroen Jeneson ( Eindhoveni Tehnikaülikool) ning Agu Laisk (Tartu Ülikool)

Taavi Päll

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: CD44 hüaluroonhapet siduv domään kui uudne angiogeneesi inhibiitor
Juhendaja: prof Priit Kogerman (TTÜ)
Oponendid prof Lena Claeson-Welsh (Uppsala Ülikool, Rootsi) ning
dr Alar Aints (Tartu Ülikool)

Käesolev uuring viidi läbi testimaks hüpoteesi, et CD44 hüaluroonhappe retseptor omab angiogeneesi alla suruvat toimet kasvaja mikrokeskkonnas ja et rekombinantset CD44 hüaluroonhapet siduvat domääni saab kasutada patoloogilise angiogeneesi ja vähi kasvu pidurdamiseks.

Julia Smirnova

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Redoks-aktiivsete valkude omaduste ja reaktsioonimehhanismide uurimine ESI-MS abil
Juhendajad prof Peep Palumaa (TTÜ) ning prof Wojciech Bal (Poola Teaduste Akadeemia
Oponendid professor Lloyd Ruddock (Oulu Ülikool, Soome) ning professor Ursel Soomets (Tartu Ülikool)

Valkude redoks omaduste uurimine aitab kaasa nende redoks homeostaasiga ja selle rikkumisega seotud probleemide lahendamisele. Käesolevas töös rakendati valkude uurimiseks kiiret ja efektiivset in vitro metoodikat - ESI-MS, mis võimaldab erinevate redoksvormide kiiret ja täpset määramist, ning uuriti erinevaid redoks signaali ülekande aspekte.

Himani Khanduri

Filosoofiadoktori (rakendusfüüsika) kraad
Teema: Funktsionaalsete oksiidide magnetilised omadused 
Juhendajad: vanemteadur Raivo Stern (KBFI) ja prof Jüri Krustok (TTÜ)
Oponendid: teadur Aile Tamm (Tartu Ülikool) ning prof Arlette Trokiner (ESPCI Paris Tech)

Käesolevas doktoritöös on uuritud erinevate multifunktsionaalsete oksiidide struktuurseid ja magnetilisi omadusi. Magneetumise temperatuurisõltuvuse järgi identifitseeriti kaks vahepealset spinkorrastuse faasiüleminekut ja ferromagnetiline-paramagnetiline üleminek. Nende magnetiliste üleminekute temperatuurid tõusid koos kasvava strontsiumi sisaldusega. Magnetilise hüstereesi mõõtmised näitasid, et strontsiumi kontsentratsiooni suurenemisel koertsiivsus kasvab, samal ajal kui magnetiline küllastus väheneb.

Natalja Kabanova

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Kalorimeetrilise meetodi väljatöötamine fermentatsiooniprotsesside uurimiseks
Juhendaja: professor Raivo Vilu (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid: Professor Lars Wadsö (Lundi Ülikool, Rootsi) ning Dr. Vlad T. Popa (“Ilie Murgulescu” Romanian Academy, Rumeenia)

Antud töö tähtsaimaks eesmärgiks oli mikrokalorimeetrilise meetodi väljatöötamine bakterite kasvu iseloomustamiseks esialgu vedelates keskkondades ning seejärel saadud teadmiste ja meetodite kasutamine bakterite kasvu uurimisel tahkefaasiliste fermentatsiooniprotsesside jooksul erinevates maatriksites. Töö tulemusena on välja arendatud bakterite kasvu iseärasusi põhjalikult kirjeldada võimaldav süsteem, mis põhineb erinevatel eksperimentaalsetel meetoditel, mille keskseks lüliks on mikrokalorimeetria. On näidatud, et kalorimeetriline meetod on käepärane, täpne ja kergesti teostatav on-line-meetod bakterite kasvu uurimiseks mitte ainult läbipaistvates keskkondades, vaid ka mitteläbipaistvates vedelates ning kalgendatud piimades ja ekstrudeeritud toidutoodetes.

Tuuli Levandi

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Teraviljasortide võrdlev uurimus analüütiliste lahutusmeetodite ja kemomeetria abil
Juhendaja: professor Mihkel Kaljurand (TTÜ keemiainstituut) ning vanemteadur Merike Vaher (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid professor Ursel Soomets (Tartu Ülikool) ning
professor Audrius Maruška (Vytautas Magnuse Ülikool, Leedu)

Antud töö käsitleb teraviljasortide (mais ja nisu) võrdlevat metaboloomikat kasutades kapillaarelektroforeesi ja kõrgsurve vedelikkromatograafiat teraviljades sisalduvate metaboliitide lahutamiseks, ultraviolett (UV) ja massspektromeetrilist (MS) detekteerimist ning peakomponentide analüüsi (PCA) teraviljasortide metaboolsete profiilide uurimiseks.

Tiina Krišćiunaite

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Piima kalgendatavuse uurimine
Juhendaja: professor Raivo Vilu (TTÜ keemiainstituut) ning vanemteadur Tiiu-Maie Laht  (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid professor Jes Christian Knudsen (Kopenhaageni Ülikool) ning
dotsent Ivi Jõudu (Eesti Maaülikool)

Käesolevas töös hinnati Eesti farmide segupiima kalgendatavust kalgendumisaja ja kalgendi tugevuse määramise kaudu ja leiti seosed segupiima koostise ja kalgendatavuse vahel. Töös analüüsiti paljudest farmidest võetud segupiima proove läbi nelja aasta, mis võimaldas kirjeldada ka sesoonseid kõikumisi Eesti farmipiima kalgendumisomadustes.
Käesoleva töö tulemused näitavad, et lisaks piima algsele koostisele võivad piima ensümaatilist ja/või happelist kalgendamist ning valmistoote kvaliteeti mõjutada ka sellised esmapilgul minoorsed välised mõjud nagu lüpsijärgne jahutamine, pumpamine, transportimine, desoainete jääkide sattumine piima jms.

Rivo Uiboupin

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Kaugseire rakendused merepinna temperatuuri ja klorofülli väljade ajalis-ruumilise muutlikkuse uurimiseks Soome lahes
Juhendaja: juhtivteadur Jaan Laanemets (TTÜ Meresüsteemide Instituut)
Oponendid vanemteadur Jari Haapala (Soome Meteoroloogia Instituut) ning juhtivteadur Tiit Kutser (Tartu Ülikool)

Käesolevas töös uuriti apvellingutega seotud merepinna temperatuuri ja klorofülli kontsentratsiooni muutusi Soome lahes, kasutades kaugseire andmeid. Kaugseire andmete, kontaktmõõtmiste ja tuule andmete kooskasutamine võimaldab saada informatsiooni nii merepinna temperatuuri väljade, apvellingutega seotud fütoplanktoni õitsengute kui ka apvellinguga seotud keeriste ja filamentide mastaapide kohta.

Aram Kazarjan

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Probiootilisi mikroorganisme sisaldavate ekstrudeeritud toiduainete ja loomasöötade tootmistehnoloogia väljatöötamine ja rakendamine
Juhendaja: prof Raivo Vilu (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid Dr. Andrea Lauková (Slovakkia Teaduste Akadeemia) ning
prof Tiina Alamäe (Tartu Ülikool)

Käesolevas töös on välja töötatud probiootilisi baktereid sisaldavate toiduainete ja loomasöötade tootmise tehnoloogia, mis põhineb bakterite õlisuspensiooni vaakuminfusioonil. Uurimised näitasid, et vaakuminfusiooniks sobiva probiootiliste bakterite õlisuspensiooni valmistamiseks on oluline, et suspensiooni viskoossus oleks väiksem 0,061 Pa·s. Töötati välja probiootilisi baktereid sisaldavate ekstrudeeritud toodete tööstusliku tootmise tehnoloogia ning see ka realiseeriti.

Anna Suhhova

Filosoofiadoktori (biomeditsiinitehnoloogia) kraad
Teema: Nõrkade stressorite mõju avastamine inimese puhkeoleku elektroentsefalograafilises signaalis
Juhendajad: emeriitprof Hiie Hinrikus ja vanemteadur Maie Bachmann (TTÜ Tehnomeedikum)
Oponendid: Professor Wlodzimierz Klonowsk (Poola Teaduste Akadeemia) ning
professor Jukka Juutilainen (Ida-Soome Ülikool)

Käesolev töö hindab erinevate EEG analüüsi meetodite sobilikkust avastamaks väikeseid muutusi EEG signaalis, mis on põhjustatud kas mikrolainekiirguse või depressiooni poolt. Kokkuvõtvalt saab väita, et erinevate stressorite poolt avaldatud mõju tuvastamine on sõltuvuses kasutatud analüüsimeetodist, statistiliselt oluliste muutuste arv võib varieeruda lähtuvalt kasutatud analüüsi meetodist. SASI meetodit kasutades saab hinnata EEG signaalis muutusi, mis olid esile kutsutud nii mikrolainekiirguse kui ka depressiooni poolt.

Ranno Nahku

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Kriitiliste faktorite valideerimine bakterite füsioloogia uurimiseks akselerostaatsetes kultiveerimiseksperimentides
Juhendajad prof Raivo Vilu (TTÜ keemiainstituut) ja vanemteadur Kaarel Adamberg (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid Prof Emeritus Sven-Olof Enfors (KTH) ning prof Uldis Kalnenieks (Läti Ülikool)

Valminud doktoritöö käsitleb bakterite süsteemibioloogia üht väga aktuaalset probleemi – bakterite füsioloogia uuringutes kasutatavate akselerostaatsete (muutus-staatsete) kultiveerimiste käigus saadavate numbriliste andmete täpsust ja korratavust. Süsteemibioloogia ja viimasel ajal ka sünteetilise bioloogia areng on muutnud oomika- jt. andmete numbrilise usaldatavuse probleemid eriti aktuaalseks.

Petri-Jaan Lahtvee

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Kvantitatiivsetel oomika-meetoditel põhinev kasvuerikiirusest sõltuv Lactococcus lactis’e energiametabolismi analüüs
Juhendajad prof Raivo Vilu (TTÜ keemiainstituut) ja vanemteadur Kaarel Adamberg (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid: vanemteadur Ana Rute Neves (Taani Tehnikaülikool) ning
PhD Martijn Bekker (The Coca Cola Company, Holland)

Käesolev töö on pühendatud molekulaarsete mehhanismide mõistmisele, mis kaasnevad piimahappebakter Lactococcus lactis’e adapteerumisel suureneva kasvuerikiirusega, millega kaasnes 30% tõus kasvueUektiivsuses. Kogu töös saadud informatsioon aminohapete tarbimise mustritest ning energiametabolismi regulatsioonist annab väärtuslikku informatsiooni bioprotsesside optimeerimisel ning tootjarakkude disainil.

Mari Sepp

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Aluselise heeliks-ling-heeliks transkriptsioonifaktori TCF4 funktsioonid ja seosed haigustega
Juhendaja: professor Tõnis Timmusk (geenotehnoloogia instituut)
Oponendid: prof Moritz Rossner (Max Plancki Instituut, Saksamaa) ning prof Eero Vasar, (Tartu Ülikool) 

Transkriptsioonitegur (TCF4) on laialdaselt avalduv aluselise heeliks-ling-heeliks perekonna valk, mis osaleb paljude erinevate rakutüüpide arengus ja talitluses. Hiljutistest uuringutest lähtuvalt on tal eriti tähtis roll täita närvisüsteemis. Varieeruvus TCF4 geenis on seotud skisofreeniaga ning deletsioonid ja mutatsioonid geenis põhjustavad Pitt-Hopkinsi sündroomi, mida iseloomustab sügav vaimne ja motoorne alaareng, tüüpilised näojooned ja hingamishälbed.

Olga Gavrilova

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Jätkusuutliku arengu arvestusmeetodite arendamine ja rakendamine.
Juhendaja: professor Raivo Vilu (keemiainstituut)
Oponendid: professor Dabo Guan (Leedsi Ülikool, Cambridge' i Ülikool) ning
professor Toomas Tenno (Tartu Ülikool)

Käesolevas väitekirjas on kolme säästva arengu arvestusmeetod abil analüüsitud Eesti ja Austria keskkonnaprobleeme. Antud arvestusmeetodite rakendamise võimalusi, piiranguid ja eeliseid analüüsiti kolme juhtumiuuringu kontekstis. Kokkuvõttes jõuti järeldusele, et säästva arengu arvepidamise edasiarendamine ja laiendamine võimaldab tõsta andmete kvaliteeti ning loob tugeva aluse majandustegevuse ja keskkonna vaheliste suhete mõistmiseks ning otsuste tegemiseks, et saavutada säästva arengu põhilist eesmärki: garanteerida tulevastele põlvkondadele loodusvarade kättesaadavus, puhas ja tervislik õhk ja vesi, bioloogiline mitmekesisus jpm.

Olesja Bondarenko

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Rekombinantsetel sensorbakteritel ja inimese tüvirakkudel põhinevate in vitro testide väljatöötamine sünteetiliste nanoosakeste toksikoloogiliseks uurimiseks
Juhendajad: vanemteadur Angela Ivask (KBFI) ning professor Erkki Truve (TTÜ geenitehnoloogia instituut)
Oponendid: vanemteadur Christiaan Karreman (Konstanzi Ülikool) ning professor Tanel Tenson (TÜ Tehnoloogiainstituut)

"(...)Doktoritöö tulemused osutavad vajadusele rakendada sünteetiliste nanoosakeste toksilisuse hindamisel lisaks prokarüootidel põhinevatel testsüsteemidele ka inimese koekultuuri rakkudel põhinevaid süsteeme. Doktoritöö tulemusena välja töötatud in vitro testsüsteemid ja nende süsteemide abil läbi viidud katsete tulemused omavad suurt tähtsust sünteetiliste nanoosakeste toksilisuse mehhanismide mõistmisel ja seeläbi panustavad oluliselt ohutuma nanotehnoloogia arengusse. (...)"
(väljavõte eelretsensendi professor Jaak Truu arvamusest)

Ann Tiiman

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Alzheimeri amüloid-ß peptiidide interaktsioonid Zn(II) ja Cu(II) ioonidega Juhendajad: vanemteadur Vello Tõugu (TTÜ geenitehnoloogia instituut) ja professor Peep Palumaa (TTÜ geenitehnoloogia instituut)
Oponendid: professor Astrid Gräslund (Stockholmi Ülikool) ning professor Tiit Land (Tallinna Ülikool)

"Töö peamiseks eesmärgiks on uurida Zn (II) ja Cu (II) ioonide interaktsioone amüloid-beeta peptiididega, kuna hüpoteesi kohaselt võivad need interaktsioonid mängida olulist rolli Alzheimeri tõve tekkel. Uuringute tulemusena leiti, et Cu (II) moodustab stabiilse, pöörduva kompleksi Aß -ga, kuid Aß vastasmõjud Zn (II)-ga on keerulisemad, kus tugevalt sidumisele eelneb nõrga afiinsusega kompleksi teke. Aß agregatsiooni jälgimiseks töötati välja uus lähenemine ja seda kasutati Zn (II) ja Cu (II) mõju uurimiseks Aß agregatsioonile. (...)"
(väljavõte eelretsensendi professor Nigulas Sameli arvamusest)

Kristel Kodar

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Immuunglobuliin G glükosüleerituse profileerimine maovähihaigetel
Juhendajad: professor Lilian Järvekülg (TTÜ geenitehnoloogia instituut) ja Oleg Kurtenkov, PhD (Tervise Arengu Instituut)
Oponendid: professor Hubert Krotkiewski (Poole Teaduste Akadeemia) ning professor Raivo Uibo (TÜ immunoloogia instituut)

"Oma tööd uurib K. Kodar konkreetsete kasvajaseoseliste antigeenide ja vastaste IgG (anti-TF, alpha-Gal) antikehade glükosüleeritust. See on väheuuritud teema ja puudutab ennekõike antigeene, mis on tihedalt seotud vähi patogeneesi, progresseerumise ja prognoosiga. Töö käsitleb raskesti diagnoositavat maovähki, mille ravi tulemused on üsna tagasihoidlikud ning mille diagnoosimiseks puuduvad usaldusväärsed biomarkerid. (...)“
(väljavõte juhendaja professor Lilian Järvekülgi arvamusest)

Külliki Krabbi

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Klassikalise galaktoseemia ja mukopolüsahharidooside biokeemiline diagnostika Eestis
Juhendajad: vanemteadur Tiiu-Maie Laht (TTÜ keemiainstituut) ja professor Katrin Õunap (TÜ lastekliinik)
Oponendid: professor Kari Pulkki (Kuopio Ülikool) ning professor Ursel Soomets (TÜ biokeemia instituut)

"Töö peamisteks eesmärkideks oli välja töötada ja juurutada praktikasse kahe üsna harva esineva päriliku haiguse- klassikalise galaktoseemia ja pärilike mukopolüsahharidooside (MPS) biokeemiline diagnostika Eestis, hinnata juurutatavate meetodite täpsust, kiirust ja usaldusväärsust ning selgitada välja mõlema päriliku haiguse esinemissagedus Eestis. (...) Uurimistöö praktilises osas töötati välja galaktoseemia ja mukopolüsahharidoosi biokeemilise diagnostika protokoll, kasutades selleks peamiselt erinevaid kromatograafilisi meetodeid (HPLC ja GS-MS). Väljatöötatud protokoll on uudne, piisavalt kiire ja usaldusväärne, on edukalt läbinud mitmed erinevad kontrolltestid ja valideerimised ning on juba reaalselt meditsiinipraktikas rakendust leidnud. (...)“
(väljavõte eelretsensendi professor Lilian Järvekülgi arvamusest)

Kai Rosin

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Päikesekiirgus ja tuul kui kiirgusvälja kujunemise mõjurid veekogudes
Juhendaja: professor Sirje Keevallik (TTÜ Meresüsteemide Instituut)
Oponendid: dr Franz H. Berger (Lindenbergi Meteoroloogiaobservatoorium) ning dr Anu Reinart (Tartu Observatoorium)

"Päikesekiirgus ja tuul mitte ainult ei määra veekogude veealust kiirgusvälja vaid määravad ka olulisel määral soojusvoo läbi atmosfääri ja veekogu eralduspinna, mis omakorda on põhiline veetemperatuuri mõjutaja pinnakihis. Tänapäeval levinud vee kvaliteedi ja ökoloogia mudelites on päikesekiirgus üks fütoplanktoni kasvukiiruse mõjuritest. Seega on siinne uurimisteema aktuaalne ja oluline erinevaid merekeskkonna aspekte modelleerivate mudelite rakendamiseks. Doktoritöö põhineb päikesekiirguse ja tuule pikaajaliste andmeridade statistilisel analüüsil. Töö eesmärk on suunatud vastuste leidmisele modelleerimisest selgunud praktilistele küsimusele, olles läbi praktilise väärtuse ka interdistsiplinaarne. (..)“
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Madis-Jaak Liloveri arvamusest)

Andrei Errapart

Filosoofiadoktori (rakendusmehaanika) kraad
Teema: Fotoelastsustomograafia lineaarses ja mittelineaarses lähenduses
Juhendaja: juhtivteadur Hillar Aben (TTÜ Küberneetika Instituut)
Oponendid: professor Emmanuel Gdoutus (Democritus University of Thrace) ja dr Jonathan Williams (Pilkingtoni tehnoloogiakeskus)

"Tehnoloogiline progress esitab üha kõrgemaid nõudeid materjalide ja toodete kvaliteedile ja sellest tingitud vajadusele nende materjalide ja toodete omaduste ja olekute täpsemale määramisele. Fotoelastsustomograafial kui mittepurustaval läbipaistvate objektide uurimise meetodil on oluline osa selles protsessis. Fotoelastsustomograafia meetodite edasiarendamisele ja täiustamisele on pühendatud teaduslik uurimistöö TTÜ Küberneetika Instituudi fotoelastsuse laboratooriumis ja OÜ GlasStressis. Osal selle eduka uurimistöö tulemustel baseerub vaadeldav väitekiri. (...)"
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Arvi Ravasoo arvamusest)

Tatjana Tamberg

Filosoofiadoktori (rakendusmatemaatika) kraad
Teema: Mõnedest lõplike 2-rühmade klassidest ja nende endomorfismipoolrühmadest
Juhendaja: professor Peeter Puusemp (TTÜ matemaatikainstituut)
Oponendid: professor Kalle Kaarli (TÜ matemaatika instituut) ja professor Markku Niemenmaa (Oulu Ülikool)

"Doktoritöö temaatika kuulub algebra valdkonda ja uurimisobjektideks on teatud tüüpi lõplikud rühmad ja nende endomorfismid ehk kujutused rühmast iseendasse, mis säilitavad rühma struktuuri. Kuna rühma endomorfismid moodustavad algebralise struktuuri, mida nimetatakse monoidiks, siis uuris autor, millal järeldub vaadeldud rühmade klassis rühmade G ja G´endomorfismimonoidide isomorfismist rühmade G ja G´isomorfism.(...)"
(väljavõte eelretsensendi dotsent Alar Leibaki arvamusest)

Taavi Liblik

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Termohaliinse struktuuri muutlikkus Soome lahes suvekuudel
Juhendaja: professor Urmas Lips (TTÜ Meresüsteemide Instituut)
Oponendid: vanemteadur Johannes Karstensen (Kieli Ülikool) ja dotsent Hanno Ohvril (Tartu Ülikool)

"Suviste temperatuuri ja soolsuse väljade struktuuri ja nende muutlikust põhjustavate füüsikaliste protsesside uurimine on aktuaalne ja tähtis kuna need protsessid mõjutavad toitainete jaotuse kujunemist meres ja seega ka fütoplanktoni suviseid õitsenguid Soome lahes, mis on Läänemere üks eutrofeerunumaid piirkondi. Doktoritöö põhineb välimõõtmistel ja on tugevalt interdistsiplinaarne, sidudes mere füüsikaliste, keemiliste ja bioloogilisre protsesside uuringuid.(...)"
(väljavõte eelretsensendi juhtivteadur Jaan Laanemetsa arvamusest)

Priidik Lagemaa

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Operatiivne prognoos Eesti merealadel
Juhendaja: professor Jüri Elken (TTÜ Meresüsteemide Instituut)
Oponendid: Dr Frank Janssen (Saksamaa Föderaalne Hüdroloogia ja Meresõiduamet) ja dr Aarne Männik (Eesti Meteoroloogia ja Hüdroloogia Instituut)

"Sisuliselt võib töö jagada kolmeks- esimene osa käsitleb väljaarendatud veetaseme prognoosisüsteemi Eestis ja selle täpsuse hinnangut, teine osa keskendub mudelisimulatsioonide tulemuste võrdlusele Soome lahes teostatud hoovuste mõõtmiste andmetega ning kolmas osa kirjeldab erinevate mudeliversioonide ja erinevate ajaperioodide kohta arvutatud keskmiste tsirkulatsiooniskeemide analüüsi. (...) On välja pakutud meetod , kuidas arvestades täpsemat põhja topograafiat on võimalik modelleeritud põhjalähedasi hoovuseid lihtsate transformatsioonidega muuda tunduvalt täpsemaks. (...)"
(väljavõte eelretsensendi professor Urmas Lipsu arvamusest)

David W. Schryer

Filosoofiadoktori (rakendusmehaanika) kraad
Teema: Isotopoloogilise modelleerimise rakendamine heterogeensete bioloogiliste süsteemide ainevahetusvoo analüüsis
Juhendajad: vanemteadur Marko Vendelin (TTÜ Küberneetika Instituut), professor Toomas Paalme (TTÜ toiduainete instituut), vanemteadur Pearu Peterson (TTÜ Küberneetika Instituut)
Oponendid: Dr Katharina Nöh (Forschungszentrum Jülich GmbH) ja professor Tanel Tenson (TÜ Tehnoloogiainstituut)

"Doktoritöö käsitleb rakusiseste energiakandjate ringlust imetaja südames ja pärmseene Saccharomyces uvarum`i Krepsi tsüklit. Püstitatud probleemid on jagatud kolmeks: (i) dünaamilise isotopoloogilise modelleerimise ülesande uudne püstitus, (ii) loomuliku koordinaatsüsteemi kasutamine väga suurte bioloogiliste süsteemide statsionaarsete lahendite analüüsis, (iii) 18O isotoobi ja tuumamagnetresonantsi meetodite võrdlus energiakandjate ringluse hindamiseks imetaja südames (...)"
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Jaan Kalda arvamusest)

Indrek Reile

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: 3-alküültsüklopentaan-1,2-dioonid asümmeetrilistes oksüdeerimis- ja alküleerimisreaktsioonides 
Juhendaja: professor Margus Lopp (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid: professor Ari Koskinen (Aalto Ülikool) ning vanemteadur Uno Mäeorg (TÜ keemia instituut)

"Doktorikraadi taotlemiseks esitatud töö keskseks teemaks on 3-asendatud tsüklopentaan-1,2-dioonid. Nimetatud ühendid pakuvad huvi bioloogiliselt aktiivsete ainete sünteesil. Töös on esitatud kaks erinevat viisi tsüklopentaan-1,2-dioonide saamiseks, esmalt üle vastavate tsüklopentaan-1,2-dioodide oksüdeerimise ja teiseks teeks on asümmeetriline organokatalüütiline Mukaiyama-Michael´i reaktsioon, mis võimaldab sünteesida enantiomeerselt rikastatud 3-asendatud tsüklopentaan-1,2-dioone. Iseseisva teemana on käsitletud 3-alküültsüklopentaan-1,2-dioonide asümmeetrilise oksüdatiivse lõhustumisprotsessi mehhanismi uurimist.(...)"
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Kadri Kriisi arvamusest)

Ardo Illaste

Filosoofiadoktori (rakendusmehaanika) kraad
Teema: Molekulaarsete liikumiste analüüs südamelihasrakkudes
Juhendaja: vanemteadur Marko Vendelin (TTÜ Küberneetika Instituut)
Oponendid: professor Allen Kaasik (TÜ farmakoloogia instituut) ning dr Pasi Tavi (Ida Soome Ülikooli Biotehnoloogia ja Molekulaarmeditsiini osakonna teadusdirektor)

"Tegemist on väga huvitava tööga. Doktoritöö läbiviimiseks on ehitatud spetsiaalne konfokaalmikroskoop, on laiendatud RICS-i meetodi protokolli ning on välja arendatud difusioonitakistusi kirjeldav stohhastiline matemaatiline mudel. Kõike seda on rakendatud isoleeritud südamelihasrakkudega teostavates katsetes. Saadavad tulemused on intrigeerivad. (...)"
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Jaan Kalda arvamusest)

Jelena Gorbatšova

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: KE meetodite väljatöötamine taimsete fenoolsete ühendite ja vitamiinide analüüsiks
Juhendaja: professor Mihkel Kaljurand (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid: professor Tõnu Püssa (Eesti Maaülikool) ning professor Andrei R. Timerbaev (Verdanski-nimeline Geokeemia ja Analüütilise Keemia Instituut, Venemaa)

"Dissertant püstitas ülesande uurida kapillaarelektroforeesi (KE) meetodeid vitamiinide ja teiste bioaktiivsete molekulide analüüsiks. Need meetodid sisaldasid nii uute analüüsiprotokollide uuringuid, mis sobiks kasutamiseks KE-s, selle meetodi ühendamisvõimaluste uurimist kaasaegses mikrofluidikas kasutatavate seadmetega ja erinevate proovi ettevalmistuse meetodite uurimist. Dissertant rakendas innovaatilisi lähenemisviise eksperimentide läbiviimisel. (..)"
(väljavõte juhendaja professsor Mihkel Kaljuranna arvamusest)

Tanel Peets

Filosoofiadoktori (rakendusmehaanika) kraad
Teema: Lainete dispersioon mikrostruktuuriga materjalides
Juhendaja: professor Jüri Engelbrecht (TTÜ Küberneetika Instituut)
Oponendid: professor Hui-Hui Dai (Hong Kongi Linnaülikool) ning PhD Jiri Plešek (Tšehhi Vabariigi TA Termomehaanika Instituut)

"Doktoritöö käsitleb dispersioonianalüüsi, mille põhjal saab määrata matemaatiliste mudelite sobivust reaalsetes situatsioonides. Analüüsi tulemusena on tuvastatud mitmed seaduspärasused ääreväärtus- ja algväärtusülesannetes ning ligikaudsete mudelite kasutuspiirkonnad..."
(väljavõte juhendaja professsor Jüri Engelbrechti arvamusest)

Allan Olspert

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Sobemoviiruste VPg ja kattevalgu omadused
Juhendaja: professor Erkki Truve (TTÜ geenitehnoloogia instituut)
Oponendid: vanemteadur Aare Abroi (Eesti Biokeskus) ning professor Olivier Le Gall (Prantsusmaa Põllumajandusuuringute Rahvuslik Instituut)

"Doktoritöö on keskendunud Sobemoviiruste kahe valgu, viiruse genoomiseoselise valgu (VPg) ja kattevalgu (CP) omaduste ja funktsioonide uurimisele. Sobemoviirused on väiksesed üheahelalise RNA genoomiga viirused. Kuigi nende viiruste genoom on küllalt lihtsa ehitusega, on viirusvalkude omadustest ja funktsioonist veel palju teadmata. Eelkõige on see ilmselt sellepärast, et võrreldes loomaviirustega uuritakse taimeviirusi oluliselt vähem. Lisaks on taimeviirustel mitmeid põhimõtteliselt loomaviirustest erinevaid omadusi, nagu näiteks võime indutseerida peremehes vaigistamise supressiooni ja levida organismis kasutades mitmeid erinevaid võtteid ning selliste protsesside uurimisel ei ole analoogiaid loomaviirustest võimalik võtta..."
(väljavõte eelretsensendi dotsent Marko Piirsoo arvamusest)

Leeli Amon

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Hilisjääaegsed taimkattemuutused Ida-Baltikumis taimsete makrojäänuste analüüsi põhjal
Juhendajad: vanemteadur Siim Veski (TTÜ Geoloogia Instituut) ning vanemteadur Anneli Poska (TTÜ Geoloogia Instituut)
Oponendid: vanemteadur Miglė Stančikaitė (Leedu Loodusuuringute Keskus) ja teadur Minna Väliranta (Helsingi Ülikool)

"Esitatud doktoritöö, mis käsitleb pärastjääaegse taimkatte arengut Baltikumi idaosas ja koosneb kolmest ilmunud ISI nimekirja ja ühest veel ilmumata artiklist ning kokkuvõttest on Eestis unikaalne uuring ja sisaldab nii kõrgetasemelist analüütilist materjali kui ka uudset lähenemist pärastjääaegse taimkatte kujunemisele Baltimaades."
(väljavõte kaasjuhendaja vanemteadur Anneli Poska arvamusest)

Anna-Liisa Peikolainen

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Orgaanilised aerogeelid 5-metüülresortsinoolist
Juhendaja: juhtivteadur Mihkel Koel (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid: professor Irina Smirnova (Hamburg-Harburgi Tehnikaülikool) ning professor Heikki Tenhu (Helsingi Ülikool)

"Orgaanilised aero- ning süsinikgeelid on suhteliselt uudsed materjalid, mida kasutatakse mitmetes nõudlikke ja spetsiifiliste omadustega materjale nõudvates tootmistes. Samas on nende valmistamine tehnoloogiliste staadiumide arvukuse ning ka raskete tingimuste tõttu kallis, mistõttu on aluste väljatöötamine uute ja ka vähempuhaste ning odavamate toormeliikide kasutamiseks igati aktuaalne. Taotlejal on püstitatud tees Eesti põlevkivi termotöötlemise mitme saaduse sobivuse kohta viidatud materjalide saamiseks ning on seda õnnestunult ka tõestanud."
(väljavõte eelretsensendi juhtivteadur Rein Kuusiku arvamusest)

Kersti Tepp

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Molekulaarne süsteemibioenergeetika: südameraku struktuuri ja funktsiooni vaheliste suhete kvantitatiivne analüüs
Juhendaja: professor Raivo Vilu (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid: professor Arvi Freiberg (Tartu Ülikool) ja professor Frank N. Gellerich (Leibnizi Neurobioloogia Instituut)

"Määrati mitokondriaalse kreatiinkinaasi (MtCK) reaktsiooni dissotsiatsioonikonstandid ATP, kreatiini ja fosfokreatiini suhtes ning mõõdeti otseselt mitokondrist tsütosooli väljuvate oksüdeeriva fosforüleerimisega seotud metaboliitide vooge. Selle tulemusena pakuti välja Mitokondriaalse Interaktsioomi (MI) mudel, mis sisaldab hingamisahela kompleksid koos ATP süntaasi ja Pi transporteriga, adeniin-nukleotiid translokaasi, MtCK ning mitokondri välismembraani VDAC kanali koos seda reguleerivate valgukompleksidega. Lisaks määrati Metaboolse Kontrolli Analüüsi meetodit kasutades energiavoo kontrollkoefitsiendid Mitokondriaalset Interakstioomi moodustavatele kompleksidele."
(väljavõte eelretsensendi professor Nigulas Sameli arvamusest)

Natalja Makarõtševa

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Orgaaniliste ainete analüüs sette ja mulla proovides kõrgefektiivsete lahutusmeetodite abil
Juhendaja: dotsent Viia Lepane (TTÜ keemiainstituut)
Oponendid: professor Maris Klavinš (Riia Ülikool, Läti)) ning dr Olga Trubetskaya (Vene TA Bioorgaanilise Keemia Instituudi vanemteadur)

"Mitmesuguste orgaaniliste ühendite analüüs erinevates keskkonnaobjektides on olulise tähtsusega probleem analüütilises keemias. Eriliselt oluline on orgaanilise ühendite kvalitatiivne ja kvantitatiivne määramine mullas ja setetes, sest nende kaudu toimub süsinikuringe erinevates looduslikes keskkondades. (...) Doktoritöö tulemusena on saadud märkimisväärset uut informatsiooni lahustunud orgaanilise aine keemiliste omaduste kohta. Tegemist on esimese tööga üldse, kus on uuritud orgaanilise aine ajalisi muutusi järvesetetes 10 000 aasta lõikes."
(väljavõte juhendaja dotsent Viia Lepane arvamusest)

Monika Mortimer

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Sünteetiliste nanoosakeste bioloogiliste efektide hindamine üherakulistel pro- ja eukarüootsetel organismidel
Juhendajad: professor Margus Lopp (TTÜ keemiainstituut) ning Anne Kahru (KBFI Molekulaargeneetika Laboratooriumi juhataja kt)
Oponendid: professor Pu Chun Ke (Clemson University, USA) ning vanemteadur Jaak Truu (TÜ Ökoloogia ja Maateaduste Instituut)

"Töö peamiseks eesmärgiks oli teatud valiku sünteetiliste nanoosakeste mõju hindamine kahele keskkonnale olulise mudel-veeorganismile: bakterile Vibrio fischeri ja algloomale Tetrahymena thermophila.(...) Esmakordselt määrati ZnO ja CuO nanoosakeste toksilisus algloomale T. thermophila. Uuriti nanoCuO mõju T. thermophila membraanidele, mis on samuti esmakordseks sünteetiliste nanoosakeste mõju uuringuks membraanide rasvhappelisele koostisele. (...) Kuigi nanoosakesed /- materjalid on saanud tarbekaupades meie igapäevaelu osaks ning nende kasutamine üha laieneb, on informatsioon nende mõjude kohta organismidele ja keskkonnale puudulik. Seega on käesolev teadustöö pühendatud äärmiselt aktuaalsele ja vajalikule teemale."
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Katrin Trummali arvamusest)

Kairit Zovo

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Rakulise vase proteoomi funktsionaalne iseloomustamine
Juhendaja: professor Peep Palumaa (TTÜ geenitehnoloogia instituut)
Oponendid: professor Peter Faller (Laboratory of Coordination Chemistry (CNRS) and University of Toulouse III, Prantsusmaa) ja professor Jaak Järv (TÜ Keemiainstituut)

"Töötati välja ESI MS metoodika ning määrati praktiliselt kõikide oluliste rakusiseste Cu(I) siduvate valkude afiinsus Cu(I) suhtes. Töö olulise tulemusena järeldati, et vaske siduvate valkude seas valitseb Cu(I) sidumise osas kindel hierarhia, mis on vastavuses vase liikumise radadega rakus, mille järgi vask liigub šaperonidelt vahepealsetele valkudele ja sealt edasi ensüümidele vastavalt afiinsusgradiendile. Väljatöötatud ESI MS metoodika sobivust teiste metalliioon-valk komplekside iseloomustamisel näidati Zn(II) sidumisafiinsuse määramisel Cox-17 redoksvormidega."
(väljavõte eelretsensendi Nigulas Sameli arvamusest)

Andrus Seiman

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Kapillaarelektroforeesil põhinev kaasaskantav analüsaator
Juhendajad: professor Mihkel Kaljurand (TTÜ keemiainstituut)

"Doktoritöö eesmärgiks oli välja töötada portatiivse kapillarelektroforeesi seadmele proovi sisestamise süsteem, testida seadme töövõimet, leida sobiv analüüsimeetod fosfoonhappe ja tema derivaatide jaoks ning välja töötada signaali töötlemise algoritm. (...) Töö tulemusena on valmistatud seadme prototüüp, mille abil on võimalik teostada kohene analüüs välitingimustes, proovivõtu kohal. Seadmetel on uuritud närvigaaside sariin, soman, VX ja nende laguproduktide analüüsi võimalusi. (...) Välja töötatud analüüsimeetodeid on ka osaliselt valideeritud. Suurt tähelepanu on samuti pühendatud saadava signaali töötlemisele ja protsessi automatiseerimisele."
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Ivar Järving arvamusest)

Germo Väli

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Õppekava: Maa-teadused
Teema: Aine transpordi numbrilised eksperimendid Läänemeres
Juhendajad: vanemteadur Aleksander Toompuu (TTÜ Meresüsteemide Instituut) ja professor Victor Zhurbas (TTÜ Meresüsteemide Instituut)

"Doktoritöös on käsitletud ainelevi numbrilist modelleerimist Läänemeres. Vaadeldav ülesannete grupp on aktuaalne ning perspektiivne, sest ainelevi saab vaadelda mitmeti- merepõhjas liikuvate setete, veepinnal liikuva reostuse või merevees sisalduvate toiteainete transpordi vms. Töös käsitletud tulemused on olulised Soome lahes toimuvate suviste apvellingute mõju hindamisel toitainete transpordil süvakihtidest mere ülakihti ning Läänemere avaosa sügavates piirkondades toimuvate setete ning võimaliku soolase vee sissevoolu trajektoori hindamise seisukohast."
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Urmas Raudseppa arvamusest)

Ove Pärn

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Õppekava: Maa-teadused
Teema: Merejää deformatsioonid Soome lahes ning nende mõju laevaliiklusele
Juhendaja: professor Jüri Elken (TTÜ Meresüsteemide Instituut)

"Autor on seadnud doktoritöö eesmärgiks ökonoomsema ja turvalisema talvise laevaliikluse Soome lahel. Selleks uuris ta rüsi- ja ladejää mõju laevakere kahjustustele. Rakendas numbrilist jäämudelit, et välja selgitada deformeerunud jääpaksuse kasvu kiiruse seoses laevavigastustega talvel 2002-2003. Modelleeris jäätingimused Soome lahel erinevate tuulte suundade kohta, et leida laevadele soodsate lahvanduste tekkimise looduslikud tingimused. Analüüsis lahvanduste esinemise sagedust lahe eri piirkondades viimase 35 aasta jooksul. Merejää deformatsioonide uurimine on perspektiivne ning oluline kuna need protsessid mõjutavad märkimisväärselt talvist navigatsiooni, mere ja rannaehitisi."
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Urmas Raudseppa arvamusest)

Olga Katargina

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Õppekava: keemia ja geenitehnoloogia
Teema: Eestis tsirkuleerivate puukide abil ülekantavad patogeenid (puukentsefaliidiviirus, Anaplasma phagocytophilum, Babesia liigid) : nende levik ja geneetiline iseloomustus
Juhendajad: professor Lilian Järvekülg (TTÜ geenitehnoloogia instituut) ja dr Irina Golovjova (Tervise Arengu Instituut)

"Käesoleva töö esimeseks eesmärgiks oli analüüsida Eestis tsirkuleerivaid puukentsefaliidi (PEV) Siberi alltüübi tüvesid. Fülogeneetiline analüüs näitas, et Eesti tüved ning Lätis ja Soomes isoleeritud tüved moodustavad hästi kindlustunud Balti liini Siberi alltüübi sees (...) Teiseks eesmärgiks oli uurida haigusetekitaja A. phagocytophilum olemasolu ja levikut Eesti puugipopulatsioonis ja teha Eestis levinud A. phagocytophilumi tüvede geneetiline ja fülogeneetiline analüüs. (...) Kolmas eesmärk oli uurida algloom Babesia liigi olemasolu ja levikut Eestis. Leiti kolm Babesia liiki B. microti, B. divergens ja Babesia EU1 erinevatel aladel levimusega 1,4% puugipopulatsioonist..."
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Andres Veske arvamusest)

Adrian Popp

Filosoofiadoktori (Maa-teadused) kraad
Teema: Baltoskandia ja Saksamaa ordoviitsiumi proetiidsed trilobiidid
Juhendaja: vanemteadur Helje pärnaste (TTÜ Geoloogia Instituut)

"PhD- õpingute käigus kogus doktorant uurimismaterjali nii Saksamaalt kui Eestist ja teistest vanaaegkonna Baltoskandia piirkonna aladelt. ... Doktorandi uurimuse peaeesmärgiks oli pärast taksonoomilise ja levikulise ülevaate saamist süveneda läbi tunnuste muutumise ontogeneesis ja fülogeneesis, nende tunnuste kaalule süstematiseerimise erineval tasemel (liik, perekond, sugukond jne). Tehtud järeldused on oluliseks panuseks selle trilobiidiseltsi süstemaatika revideerimisel. Samuti tehti märkimisväärseid järeldusi nende trilobiiditaksonite sõltumisest keskkonna tingimustest."
(väljavõte juhendaja vanemteadur Helje Pärnaste arvamusest)

Kert Tamm

Filosoofiadoktori (rakendusmehaanika) kraad
Teema: Lainelevi ja interaktsiooni numbriline modelleerimine Mindlini tüüpi mikrostruktuursetes tahkistes
Juhendaja: professor Andrus Salupere (TTÜ mehaanikainstituut)

"Tegu on teoreetilise tööga, mille põhitulemustest võiks välja tuua järgmist: on selgitatud, milliste materjali- ja laineparameetrite korral võivad deformeeruda solitoni tüüpi lahendid ja millises materjaliparameetrite piirkonnas valitseb hierarhilise võrrandi ja täieliku võrrandisüsteemi lahendite vahel hea kooskõla. Mõlemad tulemused on olulised tulevaste rakenduste seisukohalt materjalide mittepurustava testimise vallas."
(väljavõte eelretsensendi professor Tiit Koppeli arvamusest)

Tatjana Knjazeva

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Kapillaarelektroforeesi uued lahendused valkude lahutamisel ja uurimisel
Juhendaja: Mihkel Kaljurand (TTÜ keemiainstituut)

„Töös on uuritud kapillaarelektroforeesi kui lahutusmeetodi võimalikke rakendusi nii biomolekulide segude analüüsil kui ka valkude interaktsioone iseloomustavate termodünaamiliste parameetrite määramisel. ... Doktoritöös on esitatud mitmeid uudseid kapillaarelektroforeesil põhinevaid lahendusi valkude ja teiste biomolekulide analüüsiks. Nii näidatakse doktoritöö esimeses artiklis, et kvartskapillaari asendamine polüeeter-eeter-ketooni kapillaariga koos kontaktita juhtivusdetektori kasutamisega võimaldab efektiivsemalt analüüsida valkude, peptiidide ja dikarboksüülhapete segusid...“
(väljavõte eelretsensendi Aivar Lõokese arvamusest)

Priit Pruunsild

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Närvitalitlusest sõltuvad transkriptsioonifaktorid ja inimese BDNF geeni avaldumise regulatsioon
Juhendaja: professor Tõnis Timmusk

„Töö on pühendatud igavesele neurobioloogilisele probleemile teadmiste, õppimise ja oskuste ning geenide ja valkude vahekorrast – ehk siis teadmiste füüsilise aluse olemusest. Juba 20 aastat on teada, et neuraalne aktiivsus mõjutab rea valkude avaldumist närvisüsteemis. Aktivatsiooni deprivatsiooniga kaasneb aju arengu pöördumatu hälbimine ja see on arvatavalt ka paljude laste neuroloogiliste puuete tekke aluseks."
(väljavõte eelretsensendi professor Madis Metsise arvamusest)

Alla Maloverjan

Filosoofiadoktori (geenitehnoloogia) kraad
Teema: Selgroogsete fu kinaasi homoloogide roll Sonic Hedgehogi signaali ülekanderajas
Juhendajad: professor Priit Kogerman, dotsent Marko Piirsoo ja Ph.D Torben Osterlund

"Doktoritöö on pühendatud nii selgrootutes kui selgroogsetes loomades evolutsiooniliselt konserveerunud rakkudevahelise signaaliraja, hedgehog signaaliraja, molekulaarsete aluste uurimisele. Spetsiifiliselt on uuritud äädikakärbse valgu Fused homolooge imetajates ja nende molekulaarseid funktsioone hedgehog signaalirajas."
(väljavõte eelretsensendi prof Tõnis Timmuski arvamusest)

Marju Laars

Filosoofiadoktori (keemia) kraad
Teema: Asümmeetriline organokatalüütiline Michaeli ja aldoolreaktsioon tsükliliste amiinide toimel
Juhendaja: Tõnis Kanger, TTÜ keemiainstituudi professor

"Oma töös on Marju Laars uurinud diamiinsete katalüsaatorite võimalusi uute ühendite sünteesiks ja neid omavahel võrrelnud. Ta on kaitsmiseks esitanud 8 artikli tulemused. Eesmärgid, mis dissertatsiooni tegemise alguses olid seatud olid ambitsioonikad. Retsensendil on heameel tõdeda, et püstitatud tulemused on kõik saavutatud ja need tulemused pakuvad suurt teaduslikku huvi. See, et saadud tulemused on oluliselt orgaanilise sünteesi teadust edendanud kinnitab prl. Laarsi tööde suur tsiteeritavus. Nii on andmebaasi ISI Web of Science andmetel M. Laarsi artiklitele viidatud üle 150 korra, mis on silmapaistev saavutus ühe keemiaalase doktoritöö jaoks ja mis kahtlemata seab uued standardid TTÜ Matemaatika-Loodusteaduskonnas tehtavatele kraadiõpingutele."
(väljavõte eelretsensendi Mihkel Kaljuranna arvamusest)

Merle Randrüüt

Filosoofiadoktori (rakendusmehaanika) kraad
Teema: Lainelevi mikrostruktuursetes tahkistes: üksik- ja perioodilised lained
Juhendajad: professor Jüri Engelbrecht ja professor Andrus Salupere

"Doktoritöö käsitleb dünaamilisi protsesse mikrostruktuuriga materjalides Mindlini mudeli ideoloogiat kasutades. Seda tüüpi materjalides on oluline mikrostruktuurist põhjustatud dispersioon. Kõrgsageduslikel ja suure intensiivsusega dünaamilistel koormistel on aga oluline ka mittelineaarsus, seda nii makro- kui ka mikrotasandil. Doktoritöö põhitulemuseks on laineleviprotsessi kirjeldava evolutsioonivõrrandi tuletamine ja analüüs. Tuletatud võrrand kuulub Kortwegi-de Vriesi (KdV) võrrandite klassi, kuid lisab olulise mittelineaarsuse. See on äärmiselt oluline tulemus, mis selgelt eristab mikrostruktuuriga materjale homogeensetest."
(väljavõte eelretsensendi Mati Kutseri arvamusest)

Olga Bragina

Õppekava: keemia ja geenitehnoloogia
Teema: Sonic Hedgehog signaaliraja roll neurogeneesis ja vähi tekkes
Juhendaja: professor Priit Kogermann

"Hedgehogi signaalirada mängib olulist rolli organismi embrüonaalses arengus, kuigi ta jääb aktiivseks ka täiskasvanueas. ... Antud uuringus iseloomustas Olga Bragina Smo agonisti (SAG) mõju neuronaalsetele progenitoridele in vitro ja in vivo. Ta leidis, et SAG indutseeris neuronaalsete progenitorite de novo produktsiooni nende edasist diferentseerumise suunda mõjutamata. Veelgi enam- kasutatud SAG ühend ei avaldanud neurotoksilist efekti in vitro. Tuginedes saadud tulemustele võib järeldada, et SAG ühend on potentsiaalne ravimikandidaat neuronite ülemäärase surmaga seotud haiguste tulevikuravis ja vajaks seetõttu edasist uurimist."
(väljavõte eelretsensendi Vahur Valvere arvamusest)

Mihhail Berezovski

Õppekava: Tehniline füüsika (rakendusmehaanika)
Teema: Lainelevi numbriline simulatsioon heterogeensetes ja mikrostruktuuriga materjalides
Juhendaja: professor Jüri Engelbrecht

"Doktoritöö laiemaks eesmärgiks on luua ja rakendada efektiivne ja täpne arvutusmeetod heterogeensete ja mikrostruktuursete materjalide käitumise kirjeldamiseks dünaamilistel koormustel. Töös selgitatakse ühedimensionaalset lainelevi mikrostruktuurses materjalis olukorras, kus arvestatakse nii makrostruktuuri kui ka mikrostruktuuri mõju. On lahendatud hulk lainelevi probleeme ühemõõtmelises seades."
(väljavõte eelretsensendi Andrus Salupere arvamusest)

Tamara Aid-Pavlidis

Õppekava: keemia ja geenitehnoloogia
Teema: BDNF geeni struktuur ja regulatsioon
Juhendaja: professor Tõnis Timmusk

"Doktoritöö käsitleb neurotroofse teguri BDNFi geeni struktuuri ja regulatsiooni molekulaarseid aluseid. Doktoritöös: 1) iseloomustati BDNF geeni struktuur ja ekspresioon hiires ja rotis, 2) kasutades bioinformaatilisi meetodeid leiti BDNF geeni regulatoorsetes alades seni kirjeldamata sidumissaidid transkriptsioonifaktoritele, mis potentsiaalselt reguleerivad BDNF geeni transkriptsiooni, 3) tehti ja iseloomustati transgeensed hiired uurimaks inimese ja roti BDNF geeni reguleerivad proksimaalseid ja distaalseid cis-elemente in vivo."
(väljavõte juhendaja Tõnis Timmuski arvamusest)

Merike Luman

Õppekava: Keemia ja geenitehnoloogia (biomeditsiinitehnoloogia)
Teema: Dialüüsravi doosi ja patsientide toitumuse hindamine uudse optilise meetodiga
Juhendaja: professor Ivo Fridolin

"Doktoritöö on pühendatud hemodialüüsi kvaliteedi pideva kontrolli optilise meetodi uurimisele. Taotleja poolt läbiviidud DIAMON seadme kliiniliste katsete põhjal on tõestatud, et seadme poolt realiseeritava optilise meetodi tulemused on heas kooskõlas keemilise analüüsi meetoditega ja võimaldavad täiendavalt paralleelselt hinnata ka patsiendi toitumust. Töö teema on aktuaalne, kuna uuritava meetodi kasutuselevõtt võimaldab parandada kliinilises praktikas kahjuks üha laiemat kasutust leidva hemodialüüsi kvaliteeti."
(väljavõte eelretsensendi juhtivteaduri Hiie Hinrikuse arvamusest)

Kristin Lippur

Õppekava: Keemia ja geenitehnoloogia
Teema: 2,2´- bimorfoliini ja selle 5,5´- asendatud derivaatide asümmeetriline süntees
Juhendaja: professor Tõnis Kanger

"Doktoritöö käigus töötati välja üle kümne erineva enantiomeerselt puhta 2,2´-bimorfoliini sünteesitee. Uute asümmeetriliste morfoliini funktsionaalsusega ühendite süntees on orgaanilise sünteesi meetodeid rikastav ja väga huvi pakkuv. Samuti annavad uued asümmeetrilised ühendid võimaluse rakendada neid näiteks katalüsaatoritena enantioselektiivsetes reaktsioonides, samuti võivad nad ise või nende derivaadid omada huvipakkuvat bioaktiivsust."
(väljavõte eelretsensendi vanemteadur Riina Aava arvamusest)

Kati Helmja

Õppekava: Keemia ja geenitehnoloogia
Teema: Meetodid fenoolsete ühendite määramiseks ja nende antioksüdatiivsuse hindamiseks
Juhendaja: professor Mihkel Kaljurand

„Töö tulemusena töötati välja meetod taimsete fenoolide analüüsimiseks kasutades kapillaarelektroforeesi kontrollides saadud tulemusi juba traditsioonilise HPLC-MS meetodi abil. Samuti loodi off-line fraktsioonide kogumise süsteem kapillaarelektroforeesi jaoks. Kuna erinevad fenoolsed ühendid on lahutatavad kapillaarelektroforeesi abil, siis sai võimalikuks määrata individuaalsete ühendite antioksüdatiivsed omadused.“
(väljavõte eelretsensendi professor Tõnis Kangeri arvamusest)

Merike Sõmera

Õppekava. Keemia ja geenitehnoloogia
Teema: Sobemoviirused: genoomi organisatsioon, rekombinatsioonipotentsiaal ja valgu P1 vajalikkus süsteemseks infektsiooniks
Juhendaja: professor Erkki Truve

„M. Sõmera töös näidati esmakordselt, et kõik sobemoviirused on genoomilt CfMV-tüüpi ja ühtlasi reguleerivad RdRp sünteesi-1 ribosomaalse raaminike abil ning samuti hinnati esmakordselt sobemoviiruste omavahelise rekombineerumise võimalust. Veel selgitati töös CfMV P1 valgu rolli viiruse elutsüklis. Saadud tulemused on märkimisväärsed taimeviiruste molekulaarsete mehhanismide ja viiruste evolutsiooni uurimise seisukohast.“
(väljavõte eelretsensendi professor Lilian Järvekülje arvamusest)

Jüri Vikerpu

Õppekava: Tehniline füüsika
Teema: Lagrange'i formalismist Lie teooriale ja harmooniline operaadostsillaator madalates dimensioonides
Juhendaja: Professor Eugen Paal

"Töö esimeses osas uuritakse, kuidas konstrueerida lagranžiaani Lie teisendusrühmadele nii, et saadud Euler-Lagrange'i võrrandid oleks samaväärsed Lie teisendusrühmi kirjaldavate nn Lie võrranditega. Töö teises osas üldistatakse dünaamilise süsteemi nn Laxi esituse mõistet ning tuuakse sisse dünaamilise süsteemi Laxi operaadesitus. Viimased esitused võimaldavad algebraliste süsteemide muutmist dünaamilisteks loogilisel ja loomulikul viisil."
(väljavõte juhendaja arvamusest)

Marko Piirsoo

Õppekava: Keemia ja geenitehnoloogia
Teema: Schwanni rakkude arengu molekulaarsete mehhanismide selgitamine
Juhendaja: professor Tõnis Timmusk

"Doktoritöö käsitleb piirdenärvisüsteemi gliiarakkude, Schwanni rakkude, diferentseerumise molekulaarseid mehhanisme. Peamiselt on uuritud transkriptsioonifaktori Oct-6 ja neurotroofsete tegurite ja nende retseptorite funktsiooni ja ekspressiooni dünaamikat."
(väljavõte juhendaja arvamusest)

Veljo Sinivee

Õppekava: Tehniline füüsika
Teema: Portatiivne ioniseeriva kiirguse spektromeeter "Gammamapper"
Juhendaja: professor Rein-Karl Loide

"Doktoritöö eesmärgiks oli ioniseeriva kiirguse spektromeetri väljatöötamine, mis oleks portatiivne ja kasutatav välistingimustes ning võimaldaks registreerida kiirguse mõõtmise koha. Kui ioniseeriva kiirguse mõõtmiseks kasutatakse enamasti dosimeetreid, mis registreerivad kogukiirgust, siis arvestades erinevate isotoopide kiirguse erinevat mõju inimorganismile, on hädavajalik selliste seadmete väljatöötamine, mis võimaldaks registreerida ioniseerva kiirguse spektrit ja selle alusel kindlaks teha, milliste isotoopidega on kiirguses tegemist. Mitmeaastase töö tulemusena õnnestus valmis ehitada töötav seade ("Gammamapper"), mis on oma ehituselt piisavalt originaalne ja ületab oma tasemelt ja võimalustelt senised portatiivsed spektromeetrid."
(väljavõte juhendaja arvamusest)

Lauri Ilison

Õppekava: Tehniline füüsika
Teema: Solitonid ja üksiklained hierarhilistes Kortweigi- de Vries tüüpi süsteemides
Juhendaja: prof Andrus Salupere

Johan Anton

Õppekavad: Tehniline füüsika
Teema: Integraalse fotoelastsuse tehnoloogia jääkpingete määramiseks telgsümmeetrilistes klaasobjektides
Juhendaja: juhtivteadur Hillar Aben

Maie Bachmann

Õppekava: Keemia ja geenitehnoloogia
Teema: Moduleeritud mikrolainekiirguse mõju inimese puhkeoleku elektroentsefalograafilisele signaalile
Juhendaja: juhtivteadur Hiie Hinrikus

Dan Hüvonen

Õppekava: Tehniline füüsika
Teema: Madalamõõduliste spinnsüsteemide terahertsspektroskoopia
Juhendaja: professor Jüri Krustok, vanemteadur Urmas Nagel, vanemteadur Toomas Rõõm

Artur Jõgi

Õppekava: Keemia ja geenitehnoloogia
Teema: 4´- asendatud 2´, 3´-dideoksünukleosiidi analoogide süntees
Juhendaja: professor Margus Lopp, vanemteadur Anne Paju

Mario Kadastik

Õppekava: Tehniline füüsika
Teema: Kahekordse laenguga Higgsi bosoni lagunemise analüüs ja selle mõju neutriinofüüsikale
Juhendaja: professor Rein-Karl Loide, vanemteadur Martti Raidal

Vilja Mardla

Õppekava: Bio- ja geenitehnoloogia
Teema: Trombotsüütide agregatsiooni inhibeerimine antiagregatiivsete ainete kombineerimisega
Juhendaja: vanemteadur Gennadi Kobzar

Fernando Perez-Caballero

Õppekava: Keemia ja geenitehnoloogia
Teema: Süsinikaerogeelid 5-metüülresortsinoolist ja formaldehüüdist
Juhendaja: juhtivteadur Mihkel Koel

Maria Cecilia Sarmiento

Õppekava: Geenitehnoloogia
Teema: RNA vaigistamise supressorid taimedes
Juhendaja: professor Erkki Truve

Tiia Anmann

Õppekava: Keemia ja geenitehnoloogia
Teema: Integreeritud ja organiseeritud bioenergeetilised süsteemid südame ja aju rakkudes
Juhendaja: professor Raivo Vilu, professor Valdur Saks

Gennadi Lessin

Õppekava: Tehniline füüsika
Teema: Rannikutsooni biokeemiline definitsioon kasutades numbrilist modelleerimist ja mõõtmisandmeid
Juhendaja: vanemteadur Urmas Raudsepp, vanemteadur Vladimir A. Ryabchenko

Enno Pais

Õppekava: Tehniline füüsika
Teema: Pöördülesanded mittehomogeensete mälutuumade määramiseks soojusleviprotsessis
Juhendaja: professor Jaan Janno

Katrin Trummal

Õppekava: Keemia ja geenitehnoloogia
Teema: Vipera lebetina mürgi metallproteinaaside eraldamine, iseloomustamine ja spetsiifilisus
Juhendajad: vanemteadur Jüri Siigur, vanemteadur Aivar Lõokene, professor Peep Palumaa