Tallinna Tehnikaülikool

Keemia ja biotehnoloogia instituudi doktorant Monika Stoljarova kaitseb 22. juunil 2020 algusega kell 12:00 oma doktoritööd "Massively Parallel Sequencing of Human Mitochondrial Genome for Forensic Analysis" ("Inimese mitokondriaalse genoomi massiivselt paralleelne sekveneerimine forensiliseks analüüsiks"). Kaitsmine toimub tehnikaülikooli loodusteadustemaja ruumis SCI-109 (Akadeemia tee 15).

DNA analüüs on lahutamatu osa tänapäevasest kohtuekspertiisist ehk isikute tuvastamisest. Tavapäraselt kasutatakse selleks lühikesi kordusjärjestusi (STR, short tandem repeat) eelkõige tingituna nende lühikesest pikkusest, mis suurendab geneetilise analüüsi tulemuslikkust ja proovide eristusjõudu.
Täiendavalt STR markerite analüüsile viiakse läbi mitokondriaalse DNA (mtDNA) analüüsid, kui on vaja määrata sugulust ja/või uurida madala DNA sisalduse või degradeerunud proove, nagu juuresibulata karvad ja vanad säilmed.
Tüüpiliselt määratakse kohtugeneetikas mtDNA profiilid kahe hüpervarieeruva piirkonna (vastavalt HVI ja HVII) Sanger-tüüpi sekveneerimisega (STS).
Massiivselt paralleelne sekveneerimine (MPS) on alternatiiv STS meetodile, võimaldades analüüsida suuremahuliselt samaaegselt hulgaliselt DNA proove. Lisaks võimaldab MPS tehnoloogia tuvastada mtDNA järjestuse kui ka pikkuse polümorfisme. Seega, sekveneerides proovi mtGenoomi MPS tehnoloogiaga võib segaproovide analüüsi tõhusust tõsta.
Töö peamisteks eesmärkideks oli (1) hinnata MPS rakendatavust forensiliste proovide mtGenoomide sekveneerimiseks; (2) võrrelda erinevate populatsioonide täielike mtGenoomide ja HVI/HVII piirkondade eristusjõudu ning (3) analüüsida kahe ja kolme isiku kunstlikult tekitatud segaproove, lähtudes MPS kvantitatiivsetest andmetest, faasiandmetest ja fülogeneetilisest hindamisest.

Juhendajad vanemteadur Anu Aaspõllu (Tervise Arengu Instituut, Tallinna Tehnikaülikool) ja Bruce Budowle (Põhja-Texase Ülikooli Terviseteaduste Keskus, USA)

Oponendid:

  • professor Ángel Carracedo Álvarez (Santiago de Compostela Ülikool, Hispaania)
  • professor Mait Metspalu (Tartu Ülikool, Eesti)

Doktoritöö on avaldatud tehnikaülikooli raamatukogu digikogus.

Laeb infot...