KKÜ juhatuse liikmeteks said riigikogu riigikaitsekomisjoni liige, kindralleitnant Johannes Kert ja TalTechi professor, kapten Rain Ottis. Küberkaitseliidu juhatuses jätkab senine juhatuse liige, major Kristjan Kaskman. Johannes Kert ja Rain Ottis on KKÜ vabatahtlikest asutajaliikmed.

Rain Ottis on TalTechi küberkriminalistika ja küberjulgeoleku keskuse professor. Ottis lõpetas 2003. aastal USA-s West Pointi sõjaväeakadeemia arvutiteaduse erialal. 2005-2011 õppis Ottis informaatikat Tallinna tehnikaülikoolis, kaitstes 2011. aastal doktorikraadi. Ta uuris kübersõja mõistet rahvusvahelise õiguse, sõjalise võimekuse ja tavakasutaja vaatenurgast.

Johannes Kert oli Kaitseliidu üks taasloojatest, selle ülem (1992-1996) ja hilisem Kaitseväe juhataja (1996-2000) ning Eesti alaline sõjaline esindaja NATO juures (2002-2008). Kert oli 2008. aastal Tallinnas avatud NATO Küberkaitsekoostöö Keskuse idee autor ja algne eestvedaja.

Küberkaitseüksus ei kuulu Kaitseliidu struktuuris ühegi maleva koosseisu, vaid allub otse Kaitseliidu ülemale. KKÜ koondab valdavalt erafirmade IT-spetsialiste. Nii viib üksus riigi vajadused kokku eraettevõtete huvidega ja aitab kaasa kõigi Eesti elanike jaoks elutähtsate teenuste kaitsele tava- ja kriisiolukorras. KKÜ keskendub tsiviilsektori abistamisele rahu ajal ja tugiteenuste loomisele kriisiolukordades tegutsemiseks. Igapäevaselt tegeletakse IT-lahenduste arendamisega Kaitseliidu jalaväele, kodanikukaitsega, küberreservi loomisega, olukorrapildi seirega inforuumis ja strateegilise kommunikatsiooniga.