Tallinna Tehnikaülikool

Ülegenoomsete meetodite ehk oomikateaduste abil tekib iga minutiga bioloogilisi andmeid üha juurde. Kuidas selliseid andmeid hallata, kuidas neid leida ja neis orienteeruda?

Maailmas on mitmeid algatusi, mis püüavad suurandmeid koondada, kättesaadavamaks ja nii teadlastele, tudengitele ning teistele rakubioloogia huvilistele arusaadavamaks teha. Üheks selliseks algatuseks on Inimese Proteoomi Atlas (HPA, https://www.proteinatlas.org/), mille eesmärk on kaardistada kõikide inimese valkude avaldumise tase kõikides inimeste kudedes ja rakutüüpides. Et sellist ambitsioonikat eesmärki täita, on HPA teadlased disaininud ja valmistanud enamiku inimese valkude vastu kontrollitud kvaliteediga antikehad. Sellise andme- ja biopanga loomine algas juba 2003. aastal ja kestab jätkuvalt edasi. Hetkel on kättesaadav HPA 21. versioon.

The Human Protein Atlas grupifoto
Kursuse “Inimese proteoomi uurimine proteoomika, transkriptoomika ja antikehade abil” grupifoto

Reproduktiivbioloogia uurimisgrupi dotsent Agne Velthut-Meikas viibis nädala jooksul Stockholmis HPA teadlastel külas, et paremini mõista HPA andmebaasi aluseks olevaid tehnoloogiaid ja kvaliteedikriteeriume, et kasutada andmebaasi võimalusi nii oma teadustöös kui ka selleks, et õpetada andmebaasi kasutamist Tallinna Tehnikaülikooli tudengitele.  Euroopa Biokeemia Seltside Föderatsiooni poolt rahastatud kursusel “Inimese proteoomi uurimine proteoomika, transkriptoomika ja antikehade abil” (https://humanproteome2022.febsevents.org) oli võimalik kohtuda HPA looja ja juhi Mathias Uhleni, mitmete HPA töögruppide liidrite ja spetsialistide ning HPA andmebaasi oma töös kasutavate tippteadlastega üle Euroopa, sh prof Matthias Manni, prof Jens Nielseni ja prof Angus Lamondiga. Organiseerijad andsid edasi ka suurepäraseid ideid HPA andmete rakendamiseks teadus- ja õppetöös läbi praktiliste töötubade.

Agne Velthut-Meikas
Agne Velthut-Meikas
SciLifeLab Stockholmis
SciLifeLab Stockholmis

Laeb infot...