Eesti Mereakadeemiasse kuuluvad järgmised uurimisrühmad:
Roheline meretehnoloogia
Uurimisrühma juht: Kaasatud professor JAKUB JERZY MONTEWKA
Sinimajandus ja veeressursid
Uurimisrühma juht: Vanemteadur LOREIDA TIMBERG
Merenduse küberjulgeoleku keskus
Uurimisrühma juht: Professor SANJA BAUK
Mereveondus
Uurimisrühma juht: Professor ULLA PIRITA TAPANINEN
Veeteede ohutuse uurimisrühm
Uurimisrühma juht: Professor PENTTI JOUKO SAKARI KUJALA
Laevajuhtimise uurimisrühm
Uurimisrühma juht: Nooremprofessor AMIT SHARMA